吳軍於2002年加入谷歌。在谷歌，他與阿密特·辛格哈爾(美國工程院院士，世界著名搜索專家)和馬特·卡茨(谷歌反作弊官方發言人)壹起開創了網絡搜索反作弊的研究領域，並獲得了谷歌工程獎。2003年，他和谷歌全球架構總工程師朱慧燦博士成立了中日韓文搜索部。吳軍博士是目前Google中日韓搜索算法的主要設計者。
2065 438+00-2065 438+02，吳軍加入騰訊，擔任分管搜索和搜索廣告的副總裁，同時擔任國家重大專項“新壹代搜索引擎與瀏覽器”項目總經理。2012回到谷歌，負責開發谷歌的自動回答系統。2012年，吳軍還創辦了中關村矽谷創業投資基金，擔任創始合夥人。
吳軍博士在國內外發表論文數十篇，獲得和申請美國和國際專利十余項。他的書《浪潮之巔》受到業界好評。自2007年以來，他壹直擔任風險投資基金中國世紀基金的董事。2011起，當選約翰·霍普金斯大學工程學院董事會董事，並擔任該校國際事務委員會顧問。國家重大專項“新壹代搜索引擎與瀏覽器”項目總經理，2012起任工業和信息化部專家、顧問。