中國科學院昆明植物研究所前身是雲南農林植物研究所，由靜態生物研究所和雲南省教育廳於2006年7月1938聯合組建。1950年4月調入中國科學院，更名為中國科學院植物分類研究所昆明工作站。1953年3月更名為中國科學院植物研究所昆明工作站。1959年4月，經國家科委批準，中國科學院昆明植物研究所正式成立。
該所重點研究五個領域:植物分類與生物地理學、植物化學與天然產物研發、野生種質資源保護與利用、民族植物學與區域發展、資源植物研發與產業化。
研究所現有職工539人，其中研究員和高級工程師、技師66人，副研究員和高級工程師、技師110人。研究體系設置為“三室壹庫”。研究院占地5318畝，擁有昆明和麗江兩個園區。
科研成果:
1，科研任務承擔
2010-2014年，垂直科研項目總經費3.86億元，其中國家重大科研項目1項，國家科技支撐計劃1項，基礎科技項目2項，重大新藥創制項目1項，國家傑出青年科學基金2項，國家自然科學基金2項。
2、科研獎勵
該研究所已發表SCI論文1，769篇，其中前1.5%期刊發表論文523篇。授權119項專利；獲得省部級以上科技獎勵23項，先後獲得雲南省自然科學特等獎2項、雲南省自然科學壹等獎2項、雲南省科技進步壹等獎2項，吳正毅獲得2007年國家最高科學技術獎，周軍、孫、先後獲得雲南省科技突出貢獻。