孫文基教授的突出成就在於中藥新藥的研發。* * *獲得新藥發明專利12項，開發中藥新藥1類、5類10項。是龍膽總苷、姜黃、隆慶苦參堿等新藥的發明人，為秦巴山區資源的開發利用做出了實質性貢獻。
孫文基教授研究經費共計654.38+0450萬元，654.38+0997年獲得吳階平-保羅·詹森藥學研究成就獎。2009年獲科技部中藥現代科技產業基地建設十周年先進個人，主持的“中藥基本物質的分離、分析與應用”和“中藥註射劑指紋圖譜及相似度評價體系研究”獲陜西省科技進步二等獎。