首先，萬方論文檢測系統和知網查重在數據庫和算法上存在差異。萬方論文檢測系統的數據庫涵蓋了多個學科的學術期刊、學位論文、會議論文等資源，而知網的數據庫更為廣泛，包含了多個學科的學術期刊、學位論文、專利、標準等資源。此外，萬方論文檢測系統采用先進的指紋印跡技術和重復串匹配算法，知網查重采用基於內容的重復串匹配算法和語義分析技術。
其次，萬方論文檢測系統和知網查重在應用範圍和側重點上也有差異。萬方論文檢測系統主要適用於科技、醫學、人文社科等領域的學術論文檢測，而知網查重則更適用於各個學科的學術論文檢測。另外，萬方的論文檢測系統更註重學術領域的專業性和技術性，而知網更註重學術領域的廣泛性和綜合性。
所以萬方論文檢測系統和知網查重雖然在某些方面可以互補，但不能完全替代。如果需要進行全面的學術不端檢測，建議同時使用兩個系統，以保證檢測結果的準確性和可靠性。