作為男科學的創始人和學科帶頭人，主編出版了我國第壹部系統的男科學專著《中醫男科學》，將男科學分化為壹門獨立的臨床學科。此後編輯出版了《中國中醫男科叢書》、《王琦男科》等多部專著，在男科發展史上具有重要意義。他創立的“陽痿從肝論治”理論，給男科疾病的診治帶來了巨大的變革。王琦教授是壹位享譽國內外的名醫，對男性性功能障礙、男性不育癥、前列腺疾病等有著豐富的臨床經驗。開發了治療勃起功能障礙的國家新藥“舒肝益陽膠囊”和治療男性不育癥的新藥“黃精贊育膠囊”，獲得兩項發明專利。
還創立了中醫體質學，編輯出版了第壹部中醫體質學專著《中醫體質論》，對過敏性體質、肥胖體質的研究達到國內外先進水平。由王琦教授主持的衛生部中醫腹診研究，挽救了中國瀕臨失傳的珍貴診療方法——腹診，在中日兩國醫學界產生了巨大影響。他在男科、體質、腹診等方面的研究成果，都被載入了新中國四五十年中醫藥科技成果。也奠定了中醫基礎理論的重要學術地位，即藏象學。
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