可以將自制的獨特配方的奶茶申請專利，如果申請成功了那麽所有使用這個配方的奶茶的店家都需要向此奶茶配方專利持有人支付專利使用金。但是這並不是指所有賣奶茶的店家都需要支付，只是特指使用此配方的店家。
申請奶茶配方的專利屬於申請專利中的發明專利申請類別，針對產品、方法或者產品、方法的改進所提出的新的技術方案，可以申請發明專利。
專利申請文件可以直接面交國家知識產權局受理處以及各代辦處，也可以掛號郵寄國家知識產權局，還可以委托代理機構辦理。
此外，申請人可通過電子申請系統在線向國家知識產權局提交發明、實用新型和外觀設計專利申請和中間文件，以及中國國家階段的國際申請和中間文件。
擴展資料：
申請專利的作用：
1、專利作為壹種無形資產，具有巨大的商業價值，是提升企業競爭力的重要手段。
2、企業將科研成果申請專利，是企業實施專利戰略的基礎。
3、專利的質量與數量是企業創新能力和核心競爭能力的體現，是企業在該行業身份及地位的象征。
4、企業通過應用專利制度可以獲得長期的利益回報。
5、企業擁有專利是申報高新技術企業、創新基金等各類科技計劃、項目的必要前提條件。
百度百科—申請專利