所謂職務發明，是企業、單位工作人員執行本單位任務或者主要利用公司的物質技術條件完成的發明創造。按照妳的敘述，是在該公司做的軟件，也就是在公司完成的發明創造。如果該項目於妳本職工作相關或者是在執行任務過程中完成的，那麽就應當屬於職務發明。職務發明的專利權人應該屬於該單位，也就是妳所在的公司。
該公司有權要求變更專利權人。他獲得專利權之後，才能告妳侵權。在沒有作出變更的情況下，公司要起訴妳，則是以泄露商業機密為理由，如樓上所講。
如果妳要免責，可以對自己的這個專利提出無效請求，查找該技術屬於本領域技術人員可以在妳申請專利之前就能得知的現有技術（比如專利文件、文獻、期刊、專業雜誌、教材等）。不過這個無效工作最好找壹個專業人士幫忙。
盡快處理吧，祝妳好運！有問題可以百度Hi我。