標記基因的安全性問題已引起世人的關註，雖然人們也開發了壹些更加安全的標記基因用於研究，但是以上所有的標記基因都存在壹些缺點與不足，如轉化效率待提高、檢測過程待完善、篩選劑待優化、應用的範圍待拓寬等，因此有人針對這些問題設計出了無載體骨架、無標記基因的植物轉化體系。
2003年7月在海口召開的中國遺傳學會第七次代表大會上，有學者提出這壹思路，其技術核心是：構建由目的基因、表達調控序列和兩側邊界序列***同組成的線形化的基因轉化元件，通過花粉管通道途徑進行基因的轉化操作，然後再利用分子手段進行必要的檢測，獲得無載體骨架序列和標記基因的轉基因植株，並且認為該方法理論上適合任何有性生殖的作物。
據稱該方法已申請國際發明專利。該方法缺點是要求植物必須處於授粉期，因而應用受到壹定程度限制。