在發現人眼的視黃斑退化癥與缺乏葉黃素有關後，1995年美國FDA批準了葉黃素為食品補充劑。國際上需要從大量萬壽菊中提葉黃素，自2000年每年中國種有30萬畝萬壽菊，並以葉黃素酯出口，到美國用化學皂化法生產葉黃素。中國吳光耀率先在2001年研究用酶法生產葉黃素，並獲得成功，且獲得專利。套用這種工藝生產的葉黃素已在北京大學醫學部在國家自然科學基金的資助下，在北京醫院，北醫三院進行了臨床試驗，證明了它在中國人眼疾患者使用的醫療效果，也還證明天天用電腦的正常人也需要補充葉黃素，醫學部文章發表在2010年英國營養學雜誌上。每天補充20mg葉黃素的軟膠囊制品已投入生產和銷售。
主要業績獲得了多項專利，並在2000年帶團前往埃及尼羅河制藥廠建立了基因工程制藥生產線，並生產了粒細胞巨噬細胞集落 *** 因子。曾與印尼金光集團合作，解決樹木快速繁殖問題，與山東禹王實業公司開發制藥項目，並在北京建立自主研發的、符合GMP標準的中試生產線。