經過長期的科研積澱，學院在動物胚胎工程、動物克隆及幹細胞工程、生物毒素與中毒病、家畜生殖內分泌、神經生物學及畜禽重大疫病防控等研究領域形成了特色與優勢，有的研究處於國際先進水平或國內領先水平。我國動物胚胎工程專家張湧教授攻克了山羊體細胞克隆技術難關，獲得世界首例體細胞克隆山羊，利用動物體細胞克隆技術結合基因編輯技術創制了世界首例人β防禦素轉基因奶牛和轉Ipr-1基因抗結核病奶牛，2016年獲得國家科技發明二等獎。著名動物胚胎工程專家竇忠英教授在幹細胞研究方面獲得重大突破，成功從人胚胎幹細胞分化誘導得到心臟跳動樣細胞團。
學院始終瞄準高新科技前沿，堅持圍繞國家和區域性重大戰略需求，積極開展面向農業生產實際的應用基礎和應用研究。目前，學院承擔科研項目156項，其中，轉基因重大專項1項，子課題1項；國家重點研發計劃課題4項，子課題12項；國家自然基金重點項目2項、其他項目59項；合同總經費11702.66萬元。先後獲得國家技術發明二等獎1項、陜西省科技進步壹等獎2項、陜西省科技進步二等獎3項；近五年獲國家授權發明專利65件，發表學術論文1100篇，其中SCI收錄論文643篇。
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