原理為:激光激發靶板上的細菌與基質讓細菌的蛋白在真空的飛行管中。檢測器通過檢測蛋白飛行時間的不同來建立壹個曲線圖譜進而與數據庫中的信息比對，得出可能的菌的種。
結果解讀:目前微生物室使用的質譜都為此類，結果壹般按照系統比對情況按照評分列出名單，壹般為評分最高的最有可能(但要保證評分1.5/1.6以上才可取用，且評分規則為國際上的標準)。
以目前市場上的兩款產品BD布魯克公司與梅裏埃公司所生產的產品為例。:BD建議評分為2.0。梅裏埃與國際上大部分專家相同取用1.8。(評分越高可信度越強。)
質譜結果好壞還與數據庫的多少，分辨率…有關。(目前這兩方面來說BD完全碾壓梅裏埃的產品)
質譜優缺點:
優點:操作簡單，實驗時間短，大大縮短了壹級報告的時間。(BD公司給出的數據為全程20分鐘即可，且符合實際操作結果。)
缺點:質譜歸根結底為檢測的蛋白質圖譜。所以像大腸和誌賀…此類都鑒定不好。
其他方面:因此設備極貴，更應註意設備在使用中的硬件耗材及常規耗材成本。