發明專利申請中明顯實質性缺陷的審查主要包括是否屬於專利法第五條(違反國家法律和社會公德)和第二十五條(未授予專利的種類)規定的情形，是否明顯不符合專利法第二條第二款(不屬於技術方案)、第二十六條第五款(遺傳資源來源的說明)、第三十壹條第壹款(非單壹性)和第三十三條(申請文件的修改超出範圍)規定的情形。是否進行保密審查屬於形式審查的內容。