虛擬企業利用其核心能力和外部優勢創造了壹種高度靈活的運作模式。虛擬經營在實際操作中壹般有以下幾種方式:企業以項目委托、聯合開發的形式完成技術創新、技術改造、新產品開發等工作，借助高校、科研機構的R&D優勢，彌補自身的R&D能力。國內知名IT企業清華同方、北大方正的成功，與依托清華、北大等R&D環境的優勢密不可分。
無論采用哪種方式，虛擬企業都必須控制關鍵資源，如專利、品牌、營銷網絡或研發能力，而不能完全依賴外部環境來避免被他人控制。