印度尼西亞專利申請程序與我國類似。印度尼西亞專利局規定早期公示期限為18個月。與我國不同的是，任何人可以在早期公開階段提出異議，專利局對異議進行審查。申請人自提交申請之日起36個月內向專利局要求進行實質審查，逾期不提出實質審查申請視為撤回申請。自公告之日屆滿或收到實質審查申請之後的36個月內完成實質審查。通過實質審查後，專利局頒發專利證書。
印度尼西亞發明專利申請的途徑分為巴黎公約該國申請和PCT國際申請提定該國。