主持國家自然科學基金、國家863計劃、國家發改委、“948”等科研項目30余項。在蔬菜營養品質基因組學、分子生物學和植物逆境基因克隆與鑒定、茄科作物基因組研究等方面取得了成果。番茄文庫的構建、特異性啟動子的克隆、標記基因載體系統的消除等方面取得進展，為蔬菜分子育種提供了物質和技術支持。先後獲得省科技進步獎4項，授權發明專利2項，專利申請5項，品種審定3項。發表論文和專著80余篇，其中SCI收錄論文15篇。
在國內外學術期刊上發表論文130余篇，其中SCI論文40余篇，專著4部，農業部鑒定成果1項，授權品種6個，發明專利4項。他是學校蔬菜學科的主要負責人，在蔬菜生物技術和遺傳育種方面有著深入的研究和卓越的成就，並創造了我國第壹個經國家批準商業化生產的農業轉基因產品，被譽為“中國果蔬耐貯藏”，通過圖位克隆分離鑒定了番茄多細胞表皮毛形成的關鍵基因(Wo)。Wo通過蛋白質相互作用促進細胞周期相關基因-SLCYCB 2的表達，從而促進細胞由G2期向M期轉化，最終促進表皮毛發的形成。這壹機制的發現對於揭示植物細胞命運調控的多樣性具有重要價值。同時，由於純合的Wo基因會導致番茄胚胎的敗育，因此該基因的分離對揭示番茄胚胎發育的機制也具有重要意義。該研究論文發表在國際頂級學術雜誌《美國國家科學院院刊》上，園藝學專家認為這是迄今為止中國園藝作物基礎研究的最高水平。參與了國際茄科植物基因組計劃——番茄基因組測序和番茄進化機制研究論文已應《自然》雜誌要求提交給該雜誌。主持國家863計劃項目、國家973項目、國家自然科學基金項目、省(部)級科研項目、國際合作項目50項。