合成生物學提出的兩類倫理學問題，壹類是概念性的倫理問題；壹類是具體的非概念性的倫理問題。
概念性問題涉及制造生命有機體的正當性問題。1999年壹組生命倫理學家研究了科學家制造最小的基因組有機體的目標，認為這並沒有違反道德戒令，但提出了合成這種新的能獨立存活的有機體對生命概念的可能後果。“生命”的概念根據不同的理論情境有多種詮釋。從生物學觀點看，生命是區分活的有機體與無機物的條件。但生物學意義的生命與社會情境中的生命是不同的。例如在希臘文中Zoe用於所有生物***有的生命過程（類似中文的“生物”），而Bios是社會和文化層面的人類生命（類似中文的“生活”）。從語義學看，前者是“作為客體的身體”（bodies-as-objects），後者是“賦體的存在”（embodied beings），是與個體的、不可歸約的自我經驗相聯系的身體。且不說制造高級動物或人的生命，即使制造或變更簡單生命體，會對人類具有社會和文化層面的生命會有什麽影響？例如我們制造生命後，會不會肆意對待所有生命，包括人類生命？這是人們關註的壹個問題。這種關註有時用“不要扮演上帝的角色”的論點提出，認為目前所有生命有機體都是“自然”形成（或“上帝”創造）的，都是經過千百萬年進化而來的，我們如果設法去創造生命，可能會對整個自然界、地球上的所有物種，包括人類在內產生始料不及的影響。與之相聯系的就是人們提出了人類創造生命對環境可能影響的不確定性和復雜性問題。反對“要扮演上帝的角色”的人往往認為合成生命從根本上說是不應該進行的。當然，這種觀點雖然不無道理，但難以立足。
具體的非概念性的倫理問題是如何評價受益和風險的問題的呢？
關於潛在的受益：受益可分兩類——推進基本知識和制造新產品。合成生物學有助於理解生命如何開始？壹堆化合物如何成為活的生命？當然還有：生命是什麽？物理學家Richard Feynman說：“我們不能制造我們不理解的東西。”分子生物學家Steven Benner說：“布丁的證明也許在於制造它。”科學家Benner希望合成生物學能夠使生物學假說得到更嚴格的檢驗。第二類受益是創造新的能源、新的可生物降解的塑料、清潔環境的新工具、制造藥物和武器的新方法。有希望使這些產品不僅是全新的，而且是更幹凈、更好、更便宜的。
關於潛在的風險或傷害，大致可以分成兩大類：物理性（physical）傷害和非物理性（non-physical）傷害。物理性傷害包括生物安全（biosafety）和生物防護（biosecurity）問題。
生物安全問題：合成微生物與環境或其他有機體可能產生令人始料不及的相互作用，從而對環境和公***衛生造成風險。為了負責任地發展應用合成生物學必須預防或處理這些風險。合成微生物釋放入環境可能引起基因水平轉移和影響生態平衡，或發生演變產生異常功能，對環境和其他有機體產生前所未有的副作用。因此必須解決生物安全問題。
生物防護問題：這些倫理問題是指因使用合成的致死的和有毒的病原體進行恐怖主義襲擊、生物戰或種種惡意使用，尤其是如何生產這些病原體的知識和技能唾手可得時。合成生物學這種目的的使用包括生產生物武器，例如新的或改變了的致病病毒或細菌以及制造產生毒素的合成有機體。考慮到目前的知識，設計和生產全新病原體供恐怖主義和惡意使用是完全有可能的。對恐怖主義的擔心引起了對這種有可能研制生物武器的具有“雙重”用途的生命科學研究是否應禁止發表的爭論，例如抗疫苗的鼠疫的基因工程和小兒麻痹病毒的人工合成的研究成果應不應該發表。
潛在的非物理性傷害是對個體或社會的幸福安康（well-being）所造成的副面影響，涉及公正、平等、人際關系、人與自然關系等，有時難以言說。例如人們對合成生物學中專利、知識產權、商品化、重商主義等的爭論涉及人們對公平概念的不同觀點；合成生物學可能帶來的受益和風險如何公平分配是壹個很重要的非物理性倫理問題。