1996至2005年，是我國海洋科技事業全面快速發展的十年。1995年5月，中***中央、國務院發布《關於加速科學技術進步的決定》，召開了“全國科學技術大會”，動員全黨全社會實施科教興國戰略。科教興國戰略方針指引我國海洋科技事業展翅騰飛。
在海洋調查和科學考察方面，基本完成了我國《第二次海洋汙染基線調查》，為掌握我國近海海洋環境質量狀況提供了重要的科學依據。為適應《聯合國海洋法公約》生效後海域劃界和管理的需要，我國首次組織實施了專屬經濟區和大陸架勘測專項，對相關海域進行了較為系統的調查和研究，建立了我國第壹個專屬經濟區和大陸架綜合數據庫，並使我國多波束應用技術和海底勘測研究方面跨入世界先進行列。2000年，我國組織實施了西北太平洋海洋環境調查與研究專項，提高了對該海區海洋環境的認知水平。2003年9月，國務院又正式批準“我國近海海洋綜合調查與評價”專項，目的是進壹步查清中國海，為海洋資源開發和環境評價提供基礎數據。
從1999年起我國已兩次開展了北極科學考察，並於2004年建立了我國第壹個北極科學考察“黃河站”。北極考察的目的是評估北極變化對我國氣候和環境的影響，並對這種影響進行可預測性研究。2005年1月18日，在中國第21次南極考察中，內陸冰蓋科考隊登上南極內陸冰穹A最高點———南緯80°22′00〃，東經77°21′11〃，海拔4093米。這是人類首次從地面到達該區域，至此南極的4個要點全部被人類征服：極點———美國，冰點———俄羅斯，磁點———法國，高點———中國。隨後，我國科考人員又采集到了包括火星隕石和月球隕石在內的5000多塊隕石，使我國的南極隕石擁有量接近壹萬塊，位居世界第三位。
2005年4月至2006年1月，我國首次開展了環球綜合海洋科學考察，橫跨三大洋，航程43230海裏，歷時297天。初步圈出富鈷結殼的富礦區，在多金屬結核合同區開展了環境基線和多金屬結核調查，獲得了大量的硫化物、微生物、大型生物、沈積物和熱液樣品，這次環球大洋綜合考察在我國大洋科考史上具有裏程碑意義。
在海洋基礎科學研究方面，海洋基礎研究項目壹直得到國家自然科學基金的支持，已有9項海洋基礎研究項目得到“國家重點基礎研究計劃”的支持。先後開展了近海環流、海洋生態系統、海水養殖病害、邊緣海形成和演化、赤潮等方面的基礎研究，獲得壹批高水平成果，開創了我國海洋科學發展的新紀元。我國在世界率先破譯了對蝦白斑桿狀病毒基因組全序列，被評為“2000年中國十大科技進展”之壹。1999年為研究“東亞季風歷史在南海的記錄及其全球氣候影響”，增進我們對季風氣候變遷的理解，大洋鉆探第184航次（ODP184）在南海執行，進壹步縮短了我國海洋地質研究與世界先進國家的差距。
在海洋科學的國際合作方面，進壹步加強了中美、中日、中加、中德、中法合作，同時加強了中韓、中印及中國同南海周邊國家的海洋科技合作。至今我國已與40多個國家和地區建立了雙邊海洋科技合作關系，並積極參加了全球海洋生態動力學、海岸帶陸海相互作用、全球有害赤潮的生態和海洋學、大洋鉆探、國際ARGO等重大國際海洋科學合作研究計劃。
在海洋高新技術研究方面，先後組織實施了國家863計劃和科技攻關計劃，使我國的海洋技術取得了跨越式的發展，推進了國民經濟建設和社會發展。
在海洋監測技術方面，突破了壹批海洋動力環境監測、衛星遙感應用等方面的關鍵技術，開發了壹批關鍵海洋儀器設備，建立了長江口、臺灣海峽海洋動力環境立體監測示範系統及渤海生態環境綜合監測示範系統，實施了技術成果標準化工程，從總體上提高了我國海洋環境監測能力。
在海洋生物技術方面，開展了海水養殖種質的優良化、海洋藥物、海洋生物功能基因等方面的研究。實現了壹批優良海水養殖種質的產業化，十多種海洋新藥進入了臨床研究，獲得了壹批海洋生物功能基因技術，奠定了我國在海洋生物功能基因研究方面的國際地位。建立了壹批成果轉化、中試及產業化基地，促進了我國海洋水產養殖業和海洋生物高技術的發展。
在海洋探查與資源開發技術方面，圍繞深水海域油氣與天然氣水合物資源勘查、大洋礦產資源探測以及海底立體探測和成像等方面的關鍵技術開展研究，開發了壹批關鍵技術裝備，為我國油氣資源評價和大洋礦產資源勘查提供了技術支撐，並從整體上提高了我國海洋地質調查和大洋資源勘查的能力。
在深海研究技術裝備方面，1997年6月我國首臺6000米自治水下機器人“CR-01”號誕生，並在太平洋海試中達到下潛深度5176米。正在研制7000米載人潛水器。自主研發了深海沈積物捕獲器。
技術的進步顯著提升了我國的海洋資源勘查和開發能力。這期間先後發現了渤海遼東灣綏中36-1億噸大油田、南海珠江口盆地流花11-1億噸大油田及中國海上最大的渤海蓬萊19-3整裝油田。2004年，在我國南海北部陸坡首次發現面積為430平方千米的“冷泉”碳酸鹽巖分布區，是天然氣水合物存在的重要證據。海水淡化技術經過幾十年的發展，目前已具備了萬噸級海水和亞海水淡化的設計和工程能力，並已進入產業化開發階段。
在海洋公益服務能力建設方面，實施了“中國海洋環境監測系統———海洋站和誌願船觀測系統”專項，實現了我國濱海、近海和鄰近大洋海域海洋環境的有效監測。2002年5月15日，我國第壹顆海洋衛星HY-1發射升空，這是我國海洋科學技術發展歷史上的壹個裏程碑，結束了我國沒有海洋衛星的歷史，也圓了老壹代科學家的夢。今後我國將陸續發射海洋水色、海洋動力環境、海洋監測監視衛星。我國已初步建立了較為完整的業務化海洋環境數值預報系統，在風暴潮、海浪、海冰、海溫、海嘯、海流、厄爾尼諾、赤潮數值預報技術研究方面取得了重要進展。建立了較為完善的海洋信息系統，並與60多個國家130多個機構建立了正式資料交換關系。海洋標準計量已成為國家標準計量體系中的重要部分，並在海洋業務和能力建設中發揮了重要作用。
我國的海洋科技能力，經過50年的艱苦努力，已具備了創新和騰飛的基礎。我國海洋科技工作已基本形成了面向經濟建設主戰場、發展高新技術、加強基礎研究三個層次的戰略格局，形成了比較完整的海洋科學研究與技術開發體系。具備了從太空、高空、海面、海水層、海底到地殼的多學科綜合海洋調查觀測能力，基本實現了“查清中國海，進軍三大洋，登上南極洲”的宏偉夙願。顯著縮短了與國際海洋科技發展水平的差距，並在推動和引領海洋經濟發展中起到了重要作用。目前，涉海科研機構和院校約130多個，科技人員1萬3千余人，擁有壹批以科學院院士和工程院院士為核心的海洋科技隊伍；建設了壹批國家與省部級重點實驗室，海洋信息***享平臺和數據庫，海洋微生物及極地資源保藏中心；裝備了壹批設備先進的海洋綜合調查船和專業調查船。這些科技能力將為我國海洋科技事業未來的創新發展和進壹步騰飛創造條件，奠定重要基礎。
五、未來我國海洋科技事業重在創新
中國海洋科技事業已走過了50年的發展歷程。經過幾代人艱苦、持續的奮鬥，取得了令人鼓舞的巨大成就，極大地提高了我國的國際地位，振奮了我們的民族精神。海洋科技在海洋事業發展中所起的作用越來越突出，對海洋經濟的貢獻率在逐步增長；海洋科技改造了傳統的海洋產業，引領了新興海洋產業的形成和發展，支撐了海洋強國建設。
同時，我們還必須清醒地認識到，同發達海洋國家相比，我國的海洋科技總體水平還有較大差距。關鍵技術自給率低，發明專利數量少，主要海洋儀器依賴進口；深海資源勘探和環境觀測技術裝備仍然比較落後；科學研究水平有待提高，優秀拔尖人才比較匱乏；科技投入相對不足，體制機制還存在不少弊端。我國雖然是壹個海洋大國，但還不是壹個海洋強國，壹個根本原因就在於科技創新能力較弱。
《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006－2020年）》對我國未來15年科學技術發展做出了全面規劃與部署，把海洋科技發展提到了新的歷史高度，海洋成為國家超前部署的五大戰略領域之壹。海水淡化、海洋生態與環境保護、海洋資源高效開發利用、大型海洋工程技術與裝備等應用技術成為重點發展領域的優先主題；海洋技術被列為前沿技術，海洋科學成為基礎研究中的重要內容。
今後，我們海洋科技工作者既面臨難得的歷史機遇，也面臨著來自各方面的嚴峻挑戰。我們要堅持以三個代表重要思想和科學發展觀為指導，貫徹落實全國科技大會精神，在國家“自主創新、重點跨越、支撐發展、引領未來”的科技方針指導下，深化近海研究，參與深海競爭，拓展大洋和極地研究，發展戰略性前沿技術，攻克急需的關鍵技術，不斷提高對海洋規律的認知水平，努力構建海洋科技創新體系，為維護國家權益和安全、發展海洋經濟、保護海洋生態環境提供強有力的科技支撐，為建設海洋強國，全面建設小康社會做出新的更大的貢獻