研究所在為國民經濟服務方面，開展了海洋經濟動植物的生物學和人工養殖原理研究，先後進行了海帶、紫菜、中國對蝦、貽貝、海灣扇貝等人工養殖原理和方法的研究，做出了許多開創性和奠基性的工作。
據2015年10月研究所官網顯示，海洋所***取得900余項科研成果，其中國家壹等獎6項，國家二等獎24項，全國科學大會獎15項，山東省科技最高獎3項，中科院和省部委重大成果獎、科技壹等獎127項，國際獎16項。***發表論文9400余篇（其中SCI/EI收錄論文2600余篇），出版專著210余部；***獲國際發明專利授權7件，國家發明專利授權270余件，實用新型專利授權140余件，外觀設計專利50余件。 《海洋科學》是由中國科學院主管、中國科學院海洋研究所主辦的學術性期刊， 1977年創刊。及時報道海洋學及其分支學科的新成果、新理論、新觀點、新工藝和新進展。尤其對重大科研和應用研究成果特別予以優先報道。主要刊登海洋生物、海洋水產生產、海洋活性物質提取、海洋環境保護、海洋物理、物理海洋、海洋地質、海洋化學、海洋工程、海洋儀器研制等方面的文章。《海洋科學》 是 中國自然科學核心期刊、華東地區優秀期刊、中國科學院獲獎期刊、山東省優秀期刊。該刊已被中國國外數據庫如美國的《化學文摘》（ CA）、英國的《劍橋科學文摘》和聯合國的《水科學和漁業文摘》（ASFA）收錄；被中國的《中國期刊全文數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《中文科技期刊數據庫》、《中國海洋文獻數據庫》等十幾個數據庫收錄。
《中國海洋湖沼學報》（英文版）是由中國海洋湖沼學會主辦、中國科學院海洋研究所承辦的壹級學報類學術期刊，1982年創刊。該刊主要刊登內容為海洋湖沼科學及相關的生物、水產養殖、物理、氣象、化學、地質、水文、地貌、工程、環保、遙感、儀器等方面的國內外最新研究成果，包括論文，簡報，綜述等。該刊已被SCI-E、CA、AJ、BA、OA、ASFA、BIOSIS、CBA、南非NISCSA、中國期刊全文數據庫(CJFC)、中國學術期刊文摘、海洋文獻數據庫、中國生物學文獻數據庫、中國科學引文數據庫,中國核心期刊數據庫、中文科技期刊數據庫、中國科技論文統計源期刊，以及中國臺灣CEPS等文摘雜誌及數據庫收錄。
《海洋與湖沼》學報是中國海洋湖沼學會主辦的、中國海洋湖沼科技領域最有影響的基礎性綜合學術刊物之壹。該刊創辦於1957年，中國科學院海洋研究所相建海所長擔任主編。刊物以報道基礎和應用基礎研究成果為主，特別重視刊載有影響的重要技術研發成果的論文。刊物內容涉及水圈範圍內的生物學、物理學、化學、地質學等學科及其分支學科，形式有論文、研究簡報、高新技術、高水平綜述、學術爭鳴等。自 2002 年起，《海洋與湖沼》是中國水科學領域唯壹受中國科協擇優資助的期刊，同時也是受中國科學院擇優資助的刊物。據中國科技信息所資料顯示，1996—2006年《海洋與湖沼》的影響因子和總被引頻次均居中國水科學領域期刊首位，其中2006年的影響因子為 1.634（他引率為0.9）, 總被引頻次為 1772次。
《海洋科學集刊》系中國科學院海洋研究所主辦，科學出版社出版發行。 1959年由中國科學院院士曾呈奎先生創辦，系海洋科學領域綜合性刊物，以報道基礎理論研究、應用基礎研究為主，特別是以生物學的分類學科為重點，並已作為核心期刊被聯合國《水科學和漁業文摘》、中國海洋文獻數據庫、《海洋文摘》、《中國生物學文摘》、中國生物學文獻數據庫、中國期刊全文數據庫（清華光盤版）和中國科技期刊精品數據庫收錄。 1994年及1995年該刊被中國科學引文數據庫列為被引頻次最高期刊前500名之壹。