研究所定位於生命科學基礎研究，在PI制的基礎上，針對生物化學和細胞生物學主要前沿研究方向，圍繞國家重點實驗室和研究中心形成了三大研究集群，涵蓋五大前沿領域 。
三大研究集群 ：
分子生物學國家重點實驗室
細胞生物學國家重點實驗室
國家蛋白質科學研究中心·上海（籌）
五大前沿領域 ：
基因調控
RNA
表觀遺傳學
蛋白質科學
細胞信號轉導
細胞與幹細胞生物學
癌癥和其它重大疾病機理
公***技術支撐平臺 ：
細胞分析技術平臺
動物實驗技術平臺
分子生物學技術平臺
化學生物學技術平臺
幹細胞技術平臺
斑馬魚技術平臺
果蠅資源與技術平臺
在十二五及創新2020期間，研究所將力爭在“染色質結構與功能的調控”、“細胞譜系建立和轉化的功能調控”、“細胞信號轉導對炎癥/腫瘤的調控”等三項重大科學問題上取得突破 。 2009-2011年，研究所新增科技部、基金委、中科院及上海市科委競爭性科研項目（課題）***184項，獲得競爭性經費3.73億元 。
重大科研項目（2009-2011年）
上海生化與細胞研究所歷史啟動的重大科研項目
幹細胞戰略先導科技專項
“幹細胞與再生醫學研究”戰略先導科技專項是中科院第壹批啟動戰略先導專項中唯壹的生物專項，是“創新2020”實施方案的重要組成部分，第壹期執行期5年（2011-2015），總合成經費9.2億元
生化與細胞所積極承擔專項科研任務，景乃禾研究院擔任專項項目壹“細胞譜系的建立於發育調控”負責人，13位研究員擔任專項壹、二、四學術骨幹，獲得子課題合同經費***計1.07億元。自2011年初專項啟動以來，至2012年，專項取得重大進展，至2012年7月，已發表Cell 1篇，Nature 2篇，Science 1篇，Cell Stem Cell 1篇， Nature Cell Biology 1篇，Developmental Cell 1 篇，Molecular Cell 1 篇 。 SCI論文發表（截止2015.01.31）
（生化與細胞所發表文章必為重要科研進展，均為英文文章。 基礎研究文章不同於社會科學等文科論文，無灌水抄襲壹說，請閱者尊重那些辛勤的科學家）
2015年，***計8篇，其中，Nature 1篇。
2014年，***計64篇，其中CNS（即Cell 、Nature、Science生命科學領域三大頂尖雜誌）及子刊文章***計6篇。
2013年，***計66篇，其中CNS 文章5篇。
2009-2012年7月，研究所***發表SCI論文388篇 ，其中：
* 在國際頂尖期刊發表論文6篇，包括Cell 2篇，Nature 3篇，Science 1篇。
* 在國際壹流期刊發表論文59篇，包括Cell Stem Cell 2篇，Development Cell 3 篇，Molecular Cell 1篇，Blood 2篇……
2001-2011年生化細胞所發表SCI論文篇均影響因子
註：影響因子是表征文章重要程度（質量）高低的壹個指標，關於其正確與否存有爭論，但需知在中國，影響因子超過5的文章即被認為是極高水平的工作成果，而絕大數發表的SCI文章（包括國內主辦的壹些雜誌）影響因子往往在零點幾，甚至無影響因子可言。
2001-2011研究所發表的影響因子>JBC(該雜誌2014年影響因子4.60 )文章占全部SCI論文比例 上海生化與細胞研究所2001-2011年所獲得的科研榮譽部分
獲獎成果（2001-2013） 成果名稱獲獎時間獎勵名稱獎勵/等級單位/排序DC細胞活化調控與Th細胞分化機制在免疫相關疾病中的研究2013國家自然科學獎二等獎1新的癌癥靶向基因-病毒治療（CTGVT）2013上海市自然科學獎二等獎1Nudel蛋白在細胞分裂、遷移和胞內運輸中的功能和作用機理2012上海市自然科學獎壹等獎1上海市青科技傑出貢獻獎(李勁松)2012上海市青科技傑出貢獻獎 阿爾茨海默病及相關認知障礙的發病機制和診治的基礎與臨床2011上海市上海市科技進步獎壹等獎2核糖核酸的結構、功能2009上海市自然科學獎二等獎1阿片類藥物信號轉導新機制及其在成癮中的作用2009上海市自然科學獎壹等獎2亮氨酰-tRNA合成酶對底物的識別2008上海市自然科學獎二等獎1精子在附睪中成熟的分子基礎研究2008國家自然科學獎二等獎1G蛋白偶聯受體信號與其它細胞信號通路間的對話機制2007國家自然科學獎二等獎1精子在附睪中成熟的分子基礎研究2007上海市自然科學獎壹等獎1G蛋白偶聯受體信號與其它細胞信號通路間的對話機制2006上海市自然科學獎壹等獎1細胞因子神經調節作用的分子機制2006上海市自然科學獎三等獎2核糖體失活蛋白與核糖體RNA結構與功能的研究2005國家自然科學獎二等獎1活性多肽毒素結構與功能的研究2005上海市自然科學獎壹等獎1家蠶生物反應器生產生物制品的方法2004國家技術發明獎二等獎2上海市科技功臣(張永蓮)2003上海市科技功臣獎 核糖體失活蛋白與核糖體RNA結構與功能的研究2003上海市自然科學獎二等獎1重組基因工程藥物凝血因子FVIII的研究制與開發2003上海市自然科學獎三等獎1空間細胞電融合2003上海市科學技術進步獎三等獎3重組人表皮生長因子2002國家科技進步獎二等獎1蛋白激酶在阿片類物質介導的信號轉導和耐受依賴中的作用2002國家自然科學獎二等獎2重組人表皮生長因子2001中國科學院科技進步獎二等獎1蛋白激酶在阿片類物質介導的信號轉導和耐受成癮中的作用2001上海市自然科學獎壹等獎2日本血吸蟲中國大陸株抗原基因的克隆和表達及動物保護效果評估2001上海市科技進步獎二等獎2帕金森病發病機制神經功能顯像及基因治療實驗研究2001上海市科技進步獎二等獎2氨基酰-tRNA合成酶及其與相關tRNA的相互作用2001國家自然科學獎二等獎1 2012年上海生化與細胞研究所申請的專利
授權專利號專利名稱授權發明人專利類型200710040600.0蓬亂蛋白和β-連環蛋白之間相互作用的調節劑2012-12-19李 林 甘肖菁 王計勇 席 瑩 王 偉發明專利200710044543.3膽固醇代謝調節蛋白及其用途2012-11-07宋保亮 曹 劍 王 江 戚 煒 繆紅華發明專利200910051737.5抗橋骨蛋白OPN單克隆抗體及其應用2012-09-12孫 兵 等發明專利200710043800.1壹種膽固醇代謝調控藥物篩選系統及方法2012-09-12宋保亮 唐靜潔發明專利200910055694.8抑制癌細胞侵襲性的方法和試劑2012-09-12金由辛 史 毅 趙波濤發明專利200910051760.4CK19單克隆抗體 其制備方法及用途2012-09-12孫 兵 潘 榮 曹劉麗 季永鏞 田 林發明專利200810202412.8壹種利用單層培養技術制備和分離定型內胚層細胞的方法2012-09-12王 欣 徐晨歡 呂曉雯發明專利200910045147.1壹種抗病毒相關蛋白及其用途2012-09-12王 琛 陽 凱 石賀欣 劉心義 單玉飛發明專利200910198665.715－氧代繡線菊內酯抑制Wnt信號途徑的新應用2012-09-12李 林 王 偉 郝小江 劉海洋發明專利200810042946.9穩定表達細胞周期因子FoxM1的體系及其醫藥用途2012-08-15王 欣 何誌穎發明專利200810200483.4壹種定型內胚層細胞的制備和分離方法2012-08-15王 欣 丁小燕 李福明發明專利200710038085.2α－突觸核蛋白在篩選帕金森癥藥物中的應用2012-08-15胡紅雨 謝圓圓 林東海發明專利200410025464.4肝細胞癌相關的蛋白質分子標記異種核糖核蛋白K的篩選及其應用2012-07-25曾 嶸 王紅陽 夏其昌 李 辰 談冶雄發明專利200810207233.3抑制TM4SF4表達的幹擾分子及其應用2012-07-25趙慕鈞等發明專利200610031028.7壹種體外酶催化合成腺苷甲硫胺酸的方法2012-07-18趙輔昆 羅赟星 袁中壹發明專利200910051004.1壹種固相化SUMO化系統及固相化去SUMO化系統2012-07-18楊淑偉 程夏楷發明專利200810203005.9壹種重組表達可溶性轉錄中介體復合物Med23亞基的方法2012-07-04王 綱 黃 燕 姚 瀟 楊冠珍發明專利200410025465.9肝細胞癌相關的蛋白質分子標記原癌蛋白18的篩選及其應用2012-07-04曾 嶸 王紅陽 夏其昌 李 辰 談冶雄發明專利US8193162B2肝再生 2012-06-05趙慕鈞 劉章武 秦 佳 李載平發明專利200810200207.8轉基因構建物及其在制備時空可調性肝臟損傷模型中的應用2012-05-02王 欣 胡 曉發明專利200810033254.8天花粉蛋白誘導的小鼠過敏性哮喘疾病模型2012-05-02孫 兵 王 媛 毛開睿發明專利200810033086.2非洲爪蟾XPAPC基因啟動子及其組織特異性增強子2012-01-11丁小燕 王金虎 婁 鑫發明專利200810037362.2抗H5N1來源的血凝素蛋白的單克隆抗體及其應用2012-01-04孫 兵 莊筱筱 季永鏞發明專利200810041219.0白念珠菌菌絲發育相關基因及其用途2012-01-04陳江野 逯 楊發明專利200510029160.X已酮糖（磷酸）激酶的應用2012-01-04曾 嶸 袁新雨 李 辰 周 曉發明專利200510029165.226S蛋白酶體調節亞基1非ATP酶的應用2012-01-04曾 嶸 袁新雨 李 辰 周 曉發明專利200510029155.9CD59糖蛋白的應用2012-01-04曾 嶸 李 辰 周 曉 袁新雨發明專利國際專利（2009-2011）
上海生化與細胞研究所獲得的重大國際專利 壹、培養目標
1. 具有堅定的社會主義信念，熱愛祖國，遵紀守法；樹立愛國主義思想；具有團結統壹、愛好和平、勤勞勇敢、自強不息的精神；具備嚴謹的科學態度和優良學風，具有較強的事業心，積極為國家現代化建設服務。
2. 掌握本學科堅實寬廣的基礎理論和系統深入的專業知識，具有獨立從事科學研究工作的能力，有良好的科研道德和為科學獻身的精神，在科學或專業技術上作出創造性的成果。 3. 身心健康。
二、培養年限
碩-博連讀生學制為5年，學習年限最長不得超過6年半。研究生應在規定的年限內完成學習任務。
三、學科專業及研究方向
培養碩-博連讀研究生的壹級學科為生物學，學科專業為生物化學與分子生物學，細胞生物學和發育生物學。研究方向形成了以基因表達調控為主要核心，蛋白質科學和表觀遺傳調控為主線的生物化學與分子生物學領域；及以增殖、分化、雕亡和遷移等細胞活動的信號網絡為核心，細胞行為與命運決定和幹細胞與個體發育為主線的細胞生物學領域。
四、培養方式
1. 碩-博連讀研究生入學後，經過2-3個實驗室輪轉學習，進行導師與學生的雙向選擇，確定導師。在研究生培養過程中實行導師負責制。 2. 研究生進入實驗室後，在導師指導下確定科研方向，選擇研究課題，研究所統壹組織開題報告。研究生根據開題報告的評議意見進入論文工作。 3. 碩-博連讀研究生入學時按照碩士生培養，入學後第二學年第二學期進行轉博考核，即博士生資格考核。碩士研究生轉為博士研究生培養時，應由本人提出申請，並獲得導師推薦，由導師小組在考核前對研究生的課題工作給予指導，研究所組織考核小組根據研究生的在學成績和研究課題內容進行審核。審核通過者可攻讀博士學位；未通過者半年後可以有第二次考核機會。最終沒有通過者改作碩士培養或退學處理。 4. 碩-博連讀生轉博後在博士二年級開始時由研究所組織考核小組對其課題工作進展進行考核和指導，即相對標準考核，未通過考核的可以半年後進行第二次考核，仍未通過者建議碩士畢業。 5. 研究生在博士三年級按照生科院的要求完成專業綜述，以加強對其研究領域的深層次認識。同時研究所組織壹次工作進展考核。如果研究生在考核前已達到研究所畢業答辯的發表論文要求的，可以不參加工作進展考核，屆時需提出申請並提交已發表的論文。對於考核不通過的學生，建議其碩士畢業或退學。 6. 為擴大學生知識面，研究生每學期必須參加各類學術報告不得少於6次，並於每學期末提交每次報告的題目，時間，報告人以及100字左右摘要或體會。 中國科學院上海生命科學研究院研究生獎學金 年級碩士研究生碩博連讀研究生博生研究生壹220022003100二240024003400三260031003800四 3400 五 3800 註：1 以上獎學金為研究生所在年級的平均數
2 所有在讀研究生部收學費
3 自2014年下半年始，獎學金略有提高。
4 獎學金由國科大和實驗室***同承擔，以二年級2500元（2015年）為例，國科大 500元，余下由實驗室發給。
5 中科院研究生除基本獎學金外，還有諸多競爭性的獎學金和各種福利。