學校擁有各級各類重點學科8個，省級精品課程23門，省級科研平臺18個。近五年，學校承擔各級各類科研課題1292項，其中國家級73項，省部級452項。學校到位科研經費近兩億元，其中在2014年，學校理、工、農、醫類科研經費列全省第12位；獲省級以上科技成果獎30項，其中國家科學技術進步二等獎2項。獲授權專利127項，其中發明專利37項，學校***出版學術著作132部，發表學術論文近5000篇，其中被SCI、EI、ISTP三大檢索系統收錄348篇。。
2004年，以當時任職於園藝系的王英強副教授（時為中國科學院華南植物園在讀博士研究生）為第壹作者的論文《壹種新的自花授粉機制——花粉滑動》在國際權威學術刊物《Nature》雜誌上發表，實現了廣東省學術界在該雜誌發表論文零的突破。
學校在保水保肥技術、水禽健康養殖、花生育種、獼猴桃、鷹嘴桃、藍莓、銀杏等優稀水果培育、甜糯玉米雜優利用、病蟲害防治、嶺南特色農產品加工、觀賞花卉培育、草坪草培育、行業與地方標準制定、農林產業規劃等方面取得了壹批重大科研成果，產生了顯著的經濟社會效益。 圖書館
學校圖書館藏書155萬冊，電子圖書320萬冊，各種類型數字資源庫18個。建有完善的現代電子圖書系統和計算機網絡服務體系。
學術期刊
《仲愷農業工程學院學報》是仲愷農業工程學院主辦的自然科學學術期刊，創刊於1988年。截止到2013年，本刊現為 ：國家新聞出版總署收錄、《中國期刊網》入網期刊、《中國學術期刊（光盤版）》收錄期刊、《萬方數據－數字化期刊群》全文上網期刊、《中國核心期刊（遴選）數據庫》收錄期刊、《中國農業文摘——植物保護》收錄期刊、《中國農業文摘——園藝》收錄期刊、《中國農業文摘——土壤肥料》摘錄期刊。