辦公室
負責機關黨務、政務工作；·負責文電、會務、機要、保密、檔案、修誌等機關日常運轉工作以及政務公開等工作；負責重大決議事項的督查督辦；承擔教育系統及機關處室綜合考核工作；負責機關信息化建設和指導教育系統電子政務工作；牽頭做好網絡輿情信息管理工作；管理教育系統社團工作。
政策法規處
負責全局性教育決策研究，牽頭起草教育地方性法規、規章，研究本市教育改革和發展的重大問題；組織協調教育調研工作；擬訂教育政策研究課題計劃並組織實施；承擔機關規範性文件的合法性審查；承擔有關教育行政復議、行政訴訟等法律事務工作；辦理教育行政許可事宜；指導教育系統普法教育工作；參與教育執法監督、檢查工作；統籌“五個校園”建設工作。
發展規劃處
擬訂全市教育事業發展中長期規劃、年度計劃和市屬高校、高中學校招生計劃並實施監督；統籌協調高等、中等公辦學校管理體制改革和布局、結構調整；負責全市教育基本信息統計工作；會同有關部門審核審批高等、中等公辦學校的設置調整事項；負責考核區縣（自治縣）政府的教育工作。
組織幹部處
指導全市教育系統黨的工作；負責市屬高校和直屬單位黨建、黨務工作；參與市屬高校以及部屬在渝高校領導班子建設的具體管理工作；負責高職高專副職及相應職級幹部的管理；負責直屬單位領導班子、領導幹部和機關副處以上領導幹部的管理；牽頭協調教育系統幹部教育培訓工作；辦理高校、直屬單位和機關領導幹部及黨員出國出境的政審工作；指導高校和直屬單位統戰工作。
紀檢監察室
監督檢查市委教育工委、市教委及所屬系統貫徹執行黨的路線、方針、政策和決議，遵守國家法律、法規和執行市委、市政府的決議、決定、命令的情況。監督檢查市委教育工委、市教委領導班子及其成員維護黨的政治紀律、貫徹落實黨風廉政建設責任制和廉政勤政的情況；協助市委教育工委、市教委領導班子組織協調市委教育工委、市教委及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。按照有關規定，調查市委教育工委、市教委及所屬系統黨員幹部違反黨紀政紀的案件及其他重要案件。受理對市委教育工委、市教委及直屬單位黨組織、黨員和行政監察對象的檢舉、控告，在職權範圍內受理市委教育工委、市教委及直屬單位黨員和行政監察對象不服處分的申訴。承辦市紀委、市監察局交辦的其他事項。
人事處
負責教育系統人事、人才工作；負責市屬高校、直屬單位和機關的機構編制、人事和社會保障工作；規劃、指導中小學及中職學校校長隊伍建設和高校教師隊伍建設；負責組織實施教師資格制度；負責教育系統人員調配、職務評聘、考核晉級、表彰獎勵及相關專家推薦工作；負責中小學特級教師、市級以上優秀教師評選；承辦機關調研員及其以下非領導職務和壹般行政職務幹部的有關管理工作。
財務處
負責教育系統財務、審計工作的管理和指導；負責教育經費管理；負責市屬高校、直屬單位及機關國有資產、預算決算、財務管理和教育系統內部審計工作；監督檢查市屬高校、直屬單位、區縣（自治縣）招生經費的收支情況；會同有關部門制定學校有關收費標準；承擔義務教育經費保障機制改革工作；牽頭教育扶貧、救災和學生資助工作；指導本系統校辦產業和勤工儉學工作。
基礎教育處
承擔全市基礎教育管理指導工作；擬訂並指導實施推進義務教育均衡發展和促進教育公平的政策；指導基礎教育改革工作；規劃、指導基礎教育教材建設工作；指導推進九年制義務教育和掃盲工作；指導學前教育、特殊教育和工讀教育；指導民族教育；指導中小學德育；負責普通高中招生工作及學籍管理；管理直屬中小學教育教學工作；指導基礎教育各類學校、教育機構的各項教育教學工作。
職業教育與成人教育處
承擔中等職業教育、成人教育、社區教育管理指導工作；擬訂並組織實施相關教育教學政策；指導中等職業學校教材建設工作；指導相關教育教學改革、基礎能力、實訓基地建設和職業學校學生專業技能和水平考核工作；負責中等職業學校招生工作及其學籍和學歷證書管理；負責推進中等職業學校與行業、企業的結合；指導中等職業學校、教育機構的各項教育教學工作。
科學技術和學位研究生處
承擔高校自然科學研究、學位與研究生教育的管理指導工作；指導、協調教育系統的科技工作、信息化建設以及有關版權、專利工作；指導高校科技成果轉化以及“產學研”結合和科技創新工作；擬訂高校科技、學位與研究生教育發展規劃；負責博士、碩士學位授予單位、授權點和授權學科專業的相關工作；負責高校重點學科、重點實驗室、工程研究中心建設管理工作；負責研究生培養質量和學籍的管理及學位授權點的檢查評估；指導、協調高校“985工程”、“211工程”建設；承辦市學位委員會的具體工作。
高等教育處
承擔全市各類高等教育、部屬在渝高校的有關統籌管理指導協調工作；指導高校教育教學改革和教育教學的相關工作；指導高校教材建設工作；負責本、專科專業的管理；擬訂高校學科專業設置標準、教學指導文件；負責教育教學基本條件管理；負責相關教育教學質量的監控、評價和教育教學成果評選工作；負責高等職教、成人高教校外辦學點管理；負責地方學歷本、專科教育及高等教育自學考試管理工作。
招生考試管理處
擬訂全市高等教育招生工作的相關規定；擬訂有關高等教育招生工作的法規、規章並組織實施；執行國家和本市下達的招生來源計劃並負責有關管理工作；負責全市普通高校、成人高校的招生劃線和招生工作；負責組織重慶地區考生特殊類招生的具體工作；負責指導、檢查本地區研究生招生錄取工作；參與普通高中和中等職業學校招生工作；負責監督、管理全市高、中等教育入學考試工作。
民辦教育管理處
承擔各級各類民辦教育管理指導工作；牽頭高、中等學歷教育民辦學校（含非學歷高等教育機構）設置調整審批工作及管理、監督工作；指導區縣（自治縣）對民辦學校辦學活動的管理與監督；指導、協調有關民辦教育的法人登記、中介服務等工作。
師範教育處
承擔中等師範教育和幼兒園、中小學、中職學校教師培訓及繼續教育管理指導工作；擬訂並指導實施中小學、中職教師隊伍建設的中長期規劃；指導幼兒園、中小學、中職學校教師隊伍建設及師德師風建設；牽頭支教工作；指導教育學院、中等師範學校、教師進修院校的布局調整、改革、管理及教育教學工作；管理中小學教師培訓證書發放工作。
督導室
負責教育督導工作；負責對區縣（自治縣）政府和市政府有關部門履行教育工作職責情況進行督導；組織對全市中等及中等以下教育、掃除青壯年文盲的督導評估和檢查驗收；發布重慶市教育督導報告；組織開展全市基礎教育發展水平和質量監測。
宣傳思想政治教育處
指導教育系統宣傳工作；承擔高校宣傳工作及校園文化建設的管理指導工作；負責高校學生與教師的思想政治工作；規劃、指導高校宣傳思想政治工作隊伍和德育工作隊伍建設；指導高校師德師風建設；規劃、指導高校社會科學研究、思想政治理論課建設；指導、協調人文社會科學重點研究基地建設；管理教育系統報刊、出版工作。
學生處
負責普通高等教育本、專科和成人高等教育學歷教育、學生學籍管理和學歷證書審核工作；參與高等教育招生工作；負責大中專畢業生和研究生就業管理及就業指導服務工作；牽頭處理學生申訴工作；協助和配合有關部門開展大學生勤工助學和社會實踐活動；參與管理高校助學金、獎學金、學生獎懲工作，參與管理高校貸學金工作。
安全穩定辦公室
統籌管理和指導教育系統安全穩定工作，負責市屬高校、直屬單位安全穩定工作；指導、協調有關部門處置教育系統突發事件；指導教育系統建立健全學生意外傷害保障機制和學校安全防範體系；負責學校安全穩定工作的宣傳教育；牽頭校園及其周邊綜合整治工作；負責教育系統安全穩定的督查和考核評估；負責教育系統信訪工作；負責防範和處理邪教工作。
基建後勤處
編制市屬高校、直屬單位基建投資計劃，負責市屬高校、直屬單位基建的相關工作；參與國家和市政府下達的基建項目的安排與管理；指導教育系統學校基建和住房制度改革工作；指導、協調高校後勤社會化改革、後勤保障和後勤產業發展工作；指導市級重點中學和其他高中階段學校的後勤改革；負責教育系統節能減排工作。
體育衛生藝術教育處
承擔學校體育、衛生和藝術教育管理指導工作；指導學校健康教育、衛生保健和防疫工作；組織學生的體質健康監測；指導學校藝術教育和課外文娛藝術活動；組織、管理市級學生體育運動競賽和藝術比賽；負責組隊參加市級以上各類體育競賽和藝術活動；指導學校體育衛生藝術設施建設及器具配置；協助有關部門做好學校國防教育和軍訓工作。
市語言文字工作委員會辦公室
負責全市語言文字工作；組織實施國家語言文字工作的法律法規；擬訂相關語言文字工作規範性文件；監督檢查語言文字的應用情況；推進語言文字改革、語言文字規範化建設和語言文字信息處理工作；組織推行《漢語拼音方案》，推廣普通話，負責普通話培訓、測試和發證工作；負責漢字應用水平測試工作；協助漢語國際推廣工作。
國際合作與交流處
承擔教育系統及有關部門和學校的教育國際交流與合作工作；負責公派留學人員、教育系統因公出國（境）人員和來華留學人員、來渝外籍文教專家及教師的各項管理工作；負責中外合作辦學管理；會同有關部門對聘請外教學校及自費出國留學中介機構進行資格審查；開展漢語國際推廣工作；承辦海外人才工作及引智工作；開展同港、澳、臺地區的教育交流工作；負責舉辦國際教育展覽的審批；負責僑務工作。
離退休人員工作處
負責委機關離退休人員的管理工作，指導直屬單位離退休人員工作。貫徹執行有關離退休工作的政策和規定；組織離退休人員的集體活動；了解反映離退休幹部的情況；負責離退休人員思想政治工作，維護老年人的合法權益；協調老年社團、機構，做好離退休工作，配合關工委開展工作。
機關黨群辦公室
負責機關黨群工作，指導直屬單位群團工作。負責機關黨的思想建設、組織建設和黨風廉政建設工作；制定機關黨委和黨支部學習計劃、學習制度；牽頭開展機關黨員教育活動；負責機關精神文明建設；負責機關紀檢工作；牽頭機關作風建設工作；配合組織、人事部門，對機關有關行政領導幹部進行考核和民主評議；負責機關工會、婦委會和***青團工作。
新聞中心
擬訂對外新聞宣傳總體規劃和計劃；負責全市教育對內對外新聞發布工作；負責教育電視臺重慶站工作；負責《中國教育報》重慶記者站組稿工作和《重慶教育信息》的編輯工作，編寫《輿情簡報》；負責對高校、區縣（自治縣）教育行政部門新聞發言人、新聞中心（新聞辦）人員的培訓工作；協調委機關處室和指導高校、區縣（自治縣）教育行政部門對外新聞宣傳工作。
機關後勤服務中心
負責委機關後勤事務的保障和服務工作；負責采購和管理委機關資產；負責委機關公務車輛管理；負責委機關辦公場所保潔、綠化和水、電、氣、電話等公用設施的管理和維護；負責臨時工的聘用和管理；負責委機關食堂的管理；負責委機關重大活動、會議和公務接待的後勤服務和保障工作；負責機關的安全防範工作；負責統籌有關運營性工作。