修改的內容主要有下面幾點：
(壹)關於向外國申請專利保密審查
《專利法》規定任何單位和個人將在中國完成發明創造向外國申請專利的應當首先報請國務院專利行政部門進行保密審查，為此《決定》做了兩方面的具體規定：
壹是考慮到研究開發的跨國合作日益增多，為正確界定需要進行保密審查的範圍，將專利法所稱“在中國完成的發明或者實用新型”界定為“技術方案的實質性內容在中國境內完成的發明或者實用新型”;二是對保密審查程序作出了具體規定，既確保保密審查工作的正常進行，也確保申請人能夠在盡可能短的時間內得知保密審查的結論，從而能夠及時向外申請專利。
(二)關於遺傳資源信息披露制度
修改後的《專利法》中增加了有關遺傳資源的規定。為了實施該規定，《決定》根據《生物多樣性公約》，明確了“遺傳資源”的定義，對“依賴遺傳資源完成的發明創造”的含義進行了界定，並規定了披露遺傳資源來源信息的方式。
(三)關於專利權評價報告制度
修改後的《專利法》將實用新型專利權檢索報告制度修改為實用新型、外觀設計專利權評價報告制度。為方便當事人獲得專利權評價報告，《決定》對當事人請求作出報告的形式要求和國務院專利行政部門作出報告的期限作了具體規定。
(四)關於強制許可制度 修改後的《專利法》根據世界貿易組織《與貿易有關的知識產權協議》等相關國際條約的規定，增加了強制許可的類型，明確了強制許可的適用範圍。為施行《專利法》的相關規定，適合應對公***健康危機的需要，《決定》對於“未充分實施專利”、“取得專利權的藥品”等表述進行了明確的界定。並就給予實施藥品專利的強制許可，明確規定了符合有關國際條約條件和程序的要求。
(五)關於假冒專利行為的行政處罰 修改後的《專利法》將假冒他人專利的行為以及以非專利產品、方法冒充專利產品、方法的行為合並稱為假冒專利行為，並規定了相應行政處罰。為了實施該規定，《決定》對假冒專利行為給出了明確定義，同時還規定：“銷售不知道是假冒專利的產品，並且能夠證明該產品合法來源的，由管理專利工作的部門責令停止銷售，但免除罰款的處罰。”
(六)關於、審查程序的有關規定
修改後的《專利法》對專利申請、審查程序以及授權條件作了壹些調整。據此，《決定》作了相應補充和細化，主要涉及專利申請的請求書的撰寫要求等幾個方面。
(七)對有關規定所作的其他修改
為鼓勵創新，促進專利事業發展，《決定》還采取了以下三方面的措施：
壹是減少了申請維持費等四項收費項目，以減輕當事人的負擔。
二是放寬了當事人享有優先權的限制。
三是改進了職務發明獎勵報酬制度。就獎勵報酬的方式和數額，引入了約定優先的規定，體現了當事人意思自治原則。同時，將法定標準的適用範圍從原來的國有企事業單位擴大到所有單位，並提高了對職務發明人、設計人的法定獎勵數額。