企業對科技成果的保護，既可以申請專利保護，也可以作為商業秘密來保護，但它們是兩種截然不同的保護措施。它們的主要區別如下：（壹）專利和商業秘密的產生方式不同。專利必須通過申請，由國家授權後，才受到法律保護。商業秘密，則不需申請，更無須授權。權利人只要對其尚未公開的技術采取了保密措施，商業秘密便隨即產生。（二）專利和商業秘密的財產權性質不同。專利是壹種完全的財產權，它具有獨占性，誰首先申請專利並得到批準，誰就對這項技術享有專有權。未經專利人許可，其他人都不得使用。商業秘密的權利人則不具備這種獨占性，商業秘密也不是壹種完全的財產權，只要不是采用不正當手段獲取的，同壹項商業秘密，可以有若幹權利人同時享有。（三）專利和商業秘密受保護的時限不同。專利權的保護是有時間限制的，根據我國專利法的規定，發明專利權的期限為20年，實用新型專利權和外觀設計專利權的期限為10年。專利保護期限屆滿後，該項技術不再受法律保護。商業秘密的保護是沒有時間限制的，只要不被泄露或由權利人自行公開，可以壹直受到法律的保護。（四）專利和商業秘密的保護方式也不同。專利是通過技術公開和限制使用的方式對專利技術實施法律保護的。商業秘密則是通過采取保密措施，嚴格控制知悉範圍的方式對專有技術實施保護的。由於保護的方式不同，商業秘密與專利權適用的範圍也有所區別。例如，能夠通過反向工程獲取的技術不宜選擇商業秘密的保護方式，而要選擇申請專利的保護方式。不能通過反向工程等方法獲取的技術，並且有長期保密價值的，更適宜選擇商業秘密的保護方式。總之，企業要善於根據對象的不同情況，選擇不同的保護方式，不能壹刀切。正是由於商業秘密中隱含著巨額利潤，所以壹些企業、公司和個人總是想方設法采取各種手段企圖竊為已有。這也是現代商戰中最為殘酷無情的壹幕。因此，權利人都要引以為戒，時刻警惕可能發生在自己身邊的竊取商業秘密的活動。
法律客觀：《專利法》第四十二條發明專利權的期限為二十年，實用新型專利權的期限為十年，外觀設計專利權的期限為十五年，均自申請日起計算。自發明專利申請日起滿四年，且自實質審查請求之日起滿三年後授予發明專利權的，國務院專利行政部門應專利權人的請求，就發明專利在授權過程中的不合理延遲給予專利權期限補償，但由申請人引起的不合理延遲除外。為補償新藥上市審評審批占用的時間，對在中國獲得上市許可的新藥相關發明專利，國務院專利行政部門應專利權人的請求給予專利權期限補償。補償期限不超過五年，新藥批準上市後總有效專利權期限不超過十四年。