在遊戲設定的世界裏認為，星球是有自己的意識與生命的，所有的壹切生命能量都是來自星球本身，死後又做為壹種能源回歸星球，再由星球利用能源創造出新的生命
而在宇宙中有壹種種族，名為傑諾瓦，這個種族就像蝗蟲壹樣在各個星球間旅行，每到壹個星球就侵占該星球的資源大肆吸取，直到把這個星球毀滅，然後又趕往下壹個星球
在這個星球數千年前有壹個古老的種族，名為塞特拉，這個種族有著高度發達的能力與智慧，他們能合理利用星球資源，可以與星球對話,算得上是星球的朋友壹類的人物
直到某日，壹個傑諾瓦來到了主角所在的星球，但是它是撞擊下來的，巨大的撞擊能量給星球造成了很大的傷口
而塞特拉種族為了救援星球，以幾乎全族覆滅的代價封印了傑諾瓦，剩下壹小部分後代逐漸發展起來，成為了所謂的“人類”而塞特拉族的固有能力（和星球對話，調動自然的力量）也悄然消失……
人類經過幾千年的發展，科技力量達到了壹個驚人的高度，但是這個高度卻是以瘋狂的抽取星球內部能量為代價的（即裏面所說的“魔光”），人類的生活由於這個的利用變得更加美好，但星球卻在壹天天衰老下去……
那個世界裏，有壹家超級企業，就是“神羅”它通過抽取制造“魔光”的專利成為了超越政府的存在，壹切盡在其控制之下，其中也有人反抗，但“神羅”依靠龐大的軍隊和財力壹直屹立不倒，其軍隊中在四年前曾經有壹個超級戰士，就是薩菲羅斯，世界上基本沒有人是他的對手，依靠他，“神羅”很是安定了壹陣，但他卻因為某個事件失蹤，傳說已經死去，於是，反抗勢力又開始爭戰不斷……這就是故事的大背景
故事開始，主角克勞德以壹個雇傭兵的身份參加了反抗“神羅”組織“雪崩”的炸毀“魔光”制造機器（即“魔光爐”）的任務，第壹合作很成功，不過克勞德孤傲的脾氣得罪了不少人，全靠和他青梅竹馬的蒂法多方勸說才繼續留在了“雪崩”
第二次任務，“雪崩”中了“神羅”的圈套，克勞德和大家失散，遇到了賣花姑娘艾麗斯，而“神羅”的人卻來抓艾麗斯，於是克勞德接受委托成為了護花使者。
和“雪崩”的人匯合後，“神羅”卻設下毒計，炸毀城市的壹個支柱，造成“雪崩”成員死傷，僅留下頭目與蒂法兩個人……艾麗斯卻在這個時候被抓走，克勞德這時才知道原來艾麗斯是正宗的塞特拉族僅存的壹個後代，她還具有那些奇特的能力，而“神羅”的目的是要用她來作生物實驗，挖掘塞特拉族特有的能力和知識，以便更好的抽取星球能量！
為了營救艾麗斯，克勞德與頭目還有蒂法和“神羅”苦戰壹番，最後卻發現薩菲羅斯竟然出現殺死“神羅”總裁！還拿走了數千年前被封印，而後被“神羅”發現拿來做生物實驗的傑諾瓦身體！
傑諾瓦的力量壹旦被再次挖掘，星球將遭受滅頂之災！而克勞德以前在“神羅”部隊當特種兵兵時又與薩菲羅斯有壹筆血債要算……於是眾人各懷心事壹起全世界追宗薩菲羅斯，而“神羅”為了拿回傑諾瓦，也開始追蹤。
在長期的相處中，克勞德與艾麗斯漸漸的相戀，而同樣也默默的愛上了克勞德的蒂法卻發現很多奇怪的疑問，例如克勞德當特種兵的事情，他述說出來的經歷和蒂法所知道的卻有很大的出入，蒂法開始懷疑克勞德的精神狀況，但是她什麽也沒有說，只是默默的關心著克勞德……
壹切從簡……
當眾人經過重重艱險，來到了薩菲羅斯的巢穴，竟然是數千年前傑諾瓦撞擊這個星球留下的隕石坑！而此過程中，他們也通過很多線索得知薩菲羅斯竟然是數十年前“神羅”以傑諾瓦細胞為主的生化實驗制造出來的！並不是純粹的人類！從某種意義上講，傑諾瓦就是他的母親！（現在大家知道電影裏那幾個家夥說的“媽媽”是什麽意思了吧？）