高新技術企業獲得資格後，企業享受稅收優惠事項采取“自行判別、申報享受、相關資料留存備查”辦理方式。享受稅收優惠的高新技術企業，每年匯算清繳時妥善保管以下資料留存備查：
高新技術企業資格證書；高新技術企業認定資料；知識產權相關材料；年度主要產品(服務)發揮核心支持作用的技術屬於《國家重點支持的高新技術領域》規定範圍的說明，高新技術產品（服務）及對應收入資料；年度職工和科技人員情況證明材料；當年和前兩個會計年度研發費用總額及占同期銷售收入比例、研發費用管理資料以及研發費用輔助賬，研發費用結構明細表（具體格式見《高新技術企業認定管理工作指引》附件2）；省稅務機關規定的其他資料。
備查資料時間涵蓋要求
企業拿到高新技術資格證書後的三年也不是壹勞永逸的，還需要做好後續的管理工作。壹般來說，對於企業所得稅匯算清繳，稅務部門很少直接發起復核，反而是科技部門、環保部門、安監部門、財政部門審計等部門的例行抽檢比較容易發現問題。從某省2019年抽檢情況來看，出現的問題主要集中在科技人員、研發費用、高新收入、知識產權取得時間等方面：不少企業過去三年納稅申報表未體現研發費；組織的現場抽查答辯通過率非常低；系統排查的知識產權當中，篩選出若幹企業的知識產權有重復使用情況……
此處對復核發起和重新認定的時間點要明確壹下。高新技術企業通常在期滿當年提出重新認定申請，但也不絕對，有些企業可能在資格期滿不滿足認定要求，待以後年度符合條件後，才申請重新認定。相比重新認定，復核的時間點比較隨機和不確定性：有關部門在日常管理過程中發現其不符合認定條件的，會以書面形式提請認定機構復核，這個復核觸發時間有可能在高新技術企業資格有效期內，也有可能在高新技術企業資格期期滿之後，甚至有可能在重新認定高新技術企業資格之後。
因此，不管是為以後重新認定亦或是應付相關部門日常管理，企業需要密切關註獲得資格年度開始連續三年滾動的相關備查資料數據質量。
備查資料質量要求
國科發火[2016]32號和國科發火[2016]195號既是企業認定（重新認定）標準，又是維持標準，下面逐條分析：
（壹）科技人員
企業職工和科技人員情況說明材料，包括在職、兼職和臨時聘用人員人數、人員學歷結構、科技人員名單及其工作崗位明細、企業職工人數情況表和上年度年末社保繳納人數證明材料。
有些地區，比如廣東不僅要求認定企業附具每季度末的企業人員情況資料，個人所得稅繳納人數匯總數截圖或社保繳納人數證明材料（只需匯總數，加蓋企業公章），還需提供該企業科技人員名單及其工作崗位等。科技人員的具體要求需咨詢當地科技部門。
（二）知識產權方面
壹般來說，認定要求有壹件以上I類知識產權，5件以上II知識產權。實務中這個程度僅僅只能算達標。以發明來說，發明專利的授權周期比較長，從受理、初步審查、公布、實質審查到授權，經歷兩、三年是很正常的事情。對於申請發明專利較多的企業，高企認定要事先做好知識產權方面的規劃。
獲得專利的企業，年費是在申請日前繳納，專利權人未按時繳納授予專利權當年、以後的年費或者繳納的數額不足的，應自繳納年費期滿之日起至六個月內補繳，同時繳納滯納金。繳費時間超過專利申請日不足壹個月的，沒有滯納金，超過規定繳費時間壹個月的，每多超出壹個月，加收當年全額年費的5%作為滯納金。如果6個月內還沒有繳納國家局會發出專利權終止通知書，除非有不可抗力事由（自障礙消除之日起2個月內，最遲自期限屆滿之日起2年內），該專利必須在2個月內繳納恢復專利權費和補交專利年費及當年全額年費的25%滯納金；如果這兩個月還沒辦理的話，專利權就不能恢復了。維持期間想要放棄專利的企業要確認該專利是否真的不需要，如果放棄會否對重新認定或者例行檢查造成影響。
知識產權有多個權屬人時，需提供其他權屬人同意該企業使用本知識產權申報高新技術企業的聲明，所有權屬人需加蓋公章。等等。
（三）研究開發活動材料
企業應根據《高新技術企業認定申請書》中每個RD項目不同的完成時間提供相對應的研發投入佐證材料。
高企政策沒有強制性規定申報企業的研發項目必須獲得政府立項，研發項目認定是采取“企業歸集、專家判定”的原則，但為了增強企業研發項目的可信度，建議企業積極申報各級政府科技項目立項，可運用政府立項紅頭文件來佐證自己的研發活動。企業須提供“項目名稱+項目組成員”匯總表並蓋企業公章。等等。
（四）科技成果轉化
數量成果轉化最好達到每年5年以上。雖然這個已經是A等級，考慮到認定過程當中，技術專家會對成果轉化的質量提出質疑，適當提高數量是目前實務界普遍認可的做法。
科技成果可以不在申請認定期間，成果轉化的壹定要在這個期間。以產品研發周期來說，比如2020年提出重新認定，認定期間是2017年—2019年，壹般認為最後半年是產品小試、中試時間。所以，這階段要註意成果形成、轉化的期間分布勾稽性，從19年下半年開始發生的支出很大程度需要計入資本化支出，並結轉無形資產；否則，會影響高新產品形成，成果轉化質量也會大打折扣。
企業近三年科技成果轉化總體情況與轉化形式、應用成效的逐項說明材料及相關佐證材料。科技成果、轉化形式、企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標需要附具具體說明，相關的生產批文、認證認可和資質證書、產品質量檢驗報告等材料。等等。
（五）企業高新技術產品（服務）材料
以生產產品使用的技術領域作為判定為高新技術產品（服務）的依據及理由，同時，需要對產品附具說明資料：
1．關於高新技術產品的說明。
2．企業可以提供高新產品證書，相關專利證書或者是大額發票等。
3．為增強高新產品可信度，建議企業可參加當地高新技術產品認定，通過獲得高新技術產品證書來作為高新產品的權威佐證。等等。
（六）研發活動管理水平
研發活動管理水平其實是壹個綜合項目，企業可參照以下方面進行資料整理：制定了企業研究開發的組織管理制度，建立了研發投入核算體系，編制了研發費用輔助賬；設立了內部科學技術研究開發機構並具備相應的科研條件，與國內外研究開發機構開展多種形式產學研合作；建立了科技成果轉化的組織實施與激勵獎勵制度，建立開放式的創新創業平臺；建立了科技人員的培養進修、職工技能培訓、優秀人才引進，以及人才績效評價獎勵制度。
（七）檢查部門要求的其他資料。
有關研發加計、高新口徑和申報表數據的實務問題
學術界對研發費用分為會計口徑、研發費用加計扣以及高企認定口徑。然而，實務評定當中普遍認為，年度會計報表中的研發費用合計金額、高企申報的《年度研發費用結構明細表》研發費合計金額、企業所得稅申報的《研發費用加計扣除明細表》“年度研發費用小計”金額，三者之間存在基本壹致的基礎——這其實是壹種理想狀態。理論為指導實踐存在，企業在確保符合高新比例的基礎上，可簡化處理，盡量實現加計數額、高新研發費用數額與納稅申報表、財務審計報告列示的數據壹致。