二筆輸入法的前身是“陰陽雙極聲形碼輸入系統”，是陳勁松先生於1992年發明的壹種聲形輸入法，1996年獲得國家專利。高精煉在1998年收購了該專利，1999年將“陰陽碼”更名為“二筆輸入法”，並於2000年1月在廣州成立了廣東二筆軟件有限公司。二筆公司對原來陰陽碼進行優化，並在2000年初首次向外界推出二筆輸入法軟件，從此二筆輸入法正式出現在大眾的視野中。
2000年5月由全國人大常委、著名經濟學家、北京大學教授厲以寧主持，多名專家學者參加的“漢字‘二筆輸入法’社會效益研究”課題組作出正式研究報告。
2000年7月由聯合國教科文衛組織協會全國聯合會主席陶西平教授主持，全國人大委員朱相遠、陳俊亮、毛達如以及北京大學教授邵維忠、國家語言文字工作委員會委員李行健等九位專家組成的評委會對“漢字‘二筆輸入法’社會效益研究”課題提出評審意見。評委會認同了課題組的報告，同時還建議國家教育部組織專家全面評估二筆輸入法。
2000年9月國家教育部基礎教育教材發展中心立項對“二筆輸入法”教學進行調研。當年11月國家教育部對“二筆輸入法”進行初評。2000年12月經過北京師範大學專家修改、規範後的“二筆輸入法”通過國家教育部復評。復評認為經修改後的“二筆輸入法”，可以在中小學教學領域使用。“二筆輸入法”成為唯壹通過國家教育部基礎教育課程教材發展中心評審而獲準進入中小學基礎教材的輸入法。
2002年4月二筆輸入法軟件唯壹通過國家標準認證。2002年5月15日二筆輸入法通過了中文信息技術產品CESI國家認證，此項認證得到信息處理產品標準符合性檢測中心（CTC）測試報告的技術支持。二筆輸入法成為國內外第壹個通過國家認證的漢字鍵盤輸入系統。
雖然二筆輸入法得到大量好評和榮譽，但由於廣東二筆軟件有限公司以高價銷售二筆輸入法軟件，而且當時已經得到廣泛使用的智能ABC輸入法和五筆輸入法是免費的產品，只有很少人願意嘗試使用二筆。最終導致主要經營二筆輸入法軟件的廣東二筆軟件有限公司瀕臨倒閉，2004年7月22日將二筆的相關專利出售給珠海盈創科技發展有限公司。而後來持有二筆專利的珠海盈創科技公司並沒有對二筆進行商業推廣，也沒有進行後續的開發和維護。至2013年1月1日，二筆輸入法發明專利自申請日起已滿20周年，專利有效期屆滿後的二筆輸入法編碼技術成為社會的公***財富，任何單位或個人都可以無償地使用。
在另壹方面，二筆輸入法以其優秀的特性吸引了不少二筆愛好者，還有些愛好者對二筆進壹步改進和優化，同時對二筆輸入法軟件進行維護。二筆輸入法軟件大都能夠在互聯網上免費獲得和使用。二筆輸入法的編碼思也得到其他很多新輸入法的借鑒，特別是二筆的相連兩筆定位思想，在不少新出現的形碼輸入法中有所體現，像有的愛好者對五筆進行改版優化就使用兩筆相連定位方法，大大增強了這類輸入法字根布局的規律性和易記性。