《企業所得稅法》第二十八條規定:“國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%的稅率征收企業所得稅”。因此，適用於認定的高新技術企業的企業所得稅稅率(15%)比適用於壹般企業的25%的企業所得稅稅率低10%。
(2) R&D費用加扣除
《關於提高R&D費用稅前扣除比例的通知》(財稅[2018]99號)規定，企業在R&D活動中實際發生的R&D費用，不形成無形資產且計入當期損益的，自2018年6月至2020年6月按規定扣除。形成無形資產的，按照無形資產成本的175%在上述期間進行稅前攤銷。
(三)固定資產加速折舊
關於設備、器具抵扣企業所得稅政策的通知》(財稅[2018]54號)，通知規定，企業新購置設備、器具的單位價值從10月份的2018至1至2020年2月份的1，
(4)個人所得稅優惠
科研機構、高等院校轉化科技成果和高新技術企業給予個人股權獎勵，允許個人延期繳納個人所得稅，直至獲得分紅或轉讓股權。此外，全國中小高新技術企業向個人股東轉讓留存收益和資本公積時，個人股東壹次性繳納個人所得稅確有困難的，可以在五年內分期繳納。
(5)增值稅優惠
增值稅壹般納稅人銷售自己開發生產的軟件產品或者將進口軟件產品經過改裝(重新設計、改進、轉換等)後銷售到境外的。)，按13%的稅率征收增值稅，增值稅稅負超過3%的部分即征即退。
高新技術企業政府共同扶持資金
(1)國家級:科技型中小企業技術創新基金、火炬計劃、星火計劃、工程技術研究中心、外資R&D中心等
(2)省市級:自然科學基金、自主創新重大科技支撐和專項引導資金、高新技術成果轉化項目專項資金、科技型中小企業技術創新資金、科技服務平臺專項引導資金(針對研究中心)、專利資助專項資金、專利實施資金。
(3)地方政府給予的扶持政策:如成果轉化風險補償、貸款貼息等。同時，當地政府也可能對高新技術企業的科技人員或管理人員給予部分個人所得稅返還。