近年來承擔國家863項目、國家自然科學基金和省部級等多項重點科研項目，取得了豐碩的科研成果, 主要承擔了國家自然科學基金項目5項、“863”項目4項、 國家博士點基金3項、 國家教委青年骨幹基金項目1項、 國防基礎研究項目5項、總裝和海軍“十五”預研項目5項，黑龍江省科技攻關項目6項，哈爾濱市科技攻關項目4項，省自然科學基金8項，學校基礎科研基金12項，目前在研的項目90項，科研經費累計為3101.9萬元。並獲國防科技進步壹等獎1項，黑龍江省科技進步壹等獎1項，北京市科技進步二等獎1項，黑龍江科技進步三等獎3項。在國內外學術刊物及學術會議上發表論文400余篇，出版學術專著32部。機電工程學院115名教師中有70余名參加了校級以上科研項目；近三年全院***發表教學科研論文300余篇，其中進入三大檢索80余篇；省優秀教學成果二等獎1項,省教育廳壹等獎、三等獎各壹項，北京市科技二等獎壹項。黑龍江科技三等獎壹項，專利授權20項。機電工程學院具有配套的實驗設備和先進的測試手段，其中先進制造技術實驗室是國家CAD培訓網絡的培訓基地。在學校“211工程”建設中，有兩個學科方向得到了國家重點建設的支持。
學院近年來在師資隊伍建設和人才培養方面成績顯著，已形成了壹支業務水平高、科研素質好、專業配套齊全、工程實踐經驗豐富、人員梯隊年齡結構合理以及比較穩定的研究隊伍，還鍛煉了壹批以博士為主的思想活躍、科研能力強、具有創新精神的年輕科研骨幹。他們站在學科專業的研究前沿，具有很強的應用基礎研究、綜合和創新能力。每個研究方向都有由學科帶頭人、後備的學科帶頭人、研究助手及實驗技術人員組成的學術梯隊。學科專業學氛圍好，工作作風嚴謹，能夠發揮群體優勢和開展大難度高水平研究工作。
近年在艦船武器、機械強度與設計、水下作業技術、特種機器人技術、現代集成制造技術、導彈與飛行器控制等軍品研究中取得了豐碩成果，在機械、電子、自動控制等民用領域也取得了顯著成績。已經形成了具有承擔機械工程領域重大應用基礎研究、新概念和新技術創新、國防預先研究和重點型號研制中關鍵技術攻關等能力。