好氧反硝化菌主要存在於假單胞菌屬（Pseudomonas）、產堿桿菌屬（Alcaligenes）、副球菌屬（Paracoccus）和芽孢桿菌屬（Bacillus）等，是壹類好氧或兼性好氧、以有機碳作為能源的異養硝化菌。 假單胞菌屬 銅綠假單胞菌 石油汙染的土壤地下水 海洋假單胞菌 廢水 施氏假單胞菌Pseudomonas stutzeri TR2 活性汙泥 施氏假單胞菌Pseudomonas stutzeri SU2 豬圈廢水處理系統 Pseudomonas carboxydohydrogena 汙水池 Pseudomonas chloritidismutans 馴化汙泥 Pseudomonas sPP. 除硫和反硝化處理系統 Pseudomonas sP. strain K50 活性汙泥 Pseudomonas sP. strain O-3 土壤 產堿肝菌屬 糞產堿菌 除硫和反硝化處理系統 糞產堿菌AlcaligenesfaecalisNo.4 下水道汙泥 Alcaligenes Piechaudii 水稻田沈積物 Alcaligenes sP. STC1 廢水處理廠浸出液 副球菌屬 脫氮副球菌（泛養琉球菌） 除硫和反硝化處理系統 硫桿菌 土壤 Paracoccus sP. KS2 廢水 芽孢桿菌屬 蠟狀芽孢桿菌 糞便處理系統 地衣芽孢桿菌 枯草芽孢桿菌 Bacillus W2 魚塘水樣本 檸檬酸桿菌屬 Citrobacter diversus 淤泥 生絲微菌屬 Hyphcmicrobium sP. X 活性汙泥 克雷伯氏菌屬 Klebsiella Pneumoniae F2522 汙水 中慢生根瘤菌屬 Mesorhizobium Sp. strain NH-14 土壤 紅球均屬 Rhodococcus sP. HN 土壤 硫桿菌屬 Thiobacillus sP. THI051 廢水 動膠菌屬 Zoogloea strain TL1 活性汙泥 其他菌屬 Comaminas testosteroni 上流式反硝化過濾器 Enterobacteraerogenes 廢水 Magnetospirillum magnetotacticum 池塘水 Microvirgula aerodenitrificans gen. nov.sp.nov. 活性汙泥 Nitrosomonaseuropaea 下水道汙泥 Ochrobatrum anthropi 水稻田沈積物 Psychrobacterimmobilis Rhodospirillum salinarum 土壤 Sphingomonasadhaesiva 溝渠 Thaueramechernichensis 垃圾滲濾液處理系統