2009年河海大學自主招生的對象是具有2009年普通高等學校招生統壹考試報名資格且思想品德優良、身心健康的應屆高中畢業生，凡符合下列條件之壹者均可提出申請：高中階段參加全國中學生數學、物理、化學、生物學、信息學奧林匹克學科競賽獲得省級賽區三等獎以上者；高中階段在科技創新、發明專利或在某壹學科專業領域有突出表現和培養潛能，且取得河海大學自主選拔錄取專家組認可的成果者（含專利、公開發表論文等）；高中階段獲得全國中學生新概念作文大賽決賽三等獎以上，或在省級以上刊物公開發表高質量文學作品(除詩歌外)，或正式出版著作者；高中階段參加全國創新英語作文大賽獲優勝獎，或參加全國中學生英語能力競賽獲三等獎以上者；綜合素質特別優秀，能力出眾，高中階段擔任學生幹部，被授予省級或地市級榮譽稱號者(如三好學生、優秀學生、優秀學生幹部、優秀***青團幹部等)；由河海大學認定的部分省（自治區、直轄市）重點中學推薦的綜合素質優秀，且其高中階段綜合成績排名位於年級前10％（河海大學優質生源基地中學可放寬至前15%），各方面表現突出的學生。自主招生錄取人數原則上不超過學校年度招生計劃總數的5%即230人。
申請程序和方式為：符合條件的考生必須在河海大學招生網（/zsw）上報名，報名成功後系統自動生成“河海大學2009年自主選拔錄取申請表”，並用A4紙打印，由所在中學填寫推薦意見，校長簽字並加蓋學校公章（照片須蓋騎縫章）；考生高中階段各學期成績以及年級排名匯總情況由中學負責提供，加蓋中學教務處公章。網上報名時間截至2008年12月12日。申請材料除申請表、成績及年級排名匯總情況外，還需身份證或戶口簿復印件、高中階段主要獲獎證書復印件和其他證明自己特長優勢的材料、個人陳述（須由本人用藍黑或黑色水筆手寫，字數在1200字以內）。將以上申請材料於2008年12月12日（以當地郵戳日期為準）之前，用特快專遞郵寄至河海大學學生工作處招生辦公室，地址：南京市江寧區佛城西路8號，郵編：211100，並在信封正面註明“自主招生申請材料”字樣。
選拔程序和方法為：學校對考生的申請材料進行資格審查，2008年12月22日前在學校招生網上公布通過審查的考生名單，並通知其參加學校組織的2009年科學文化冬令營，進行自主選拔錄取的相關測試。測試內容包括文化基礎測試和綜合能力測試。文化基礎測試主要考查考生高中階段文化基礎知識的掌握程度，考試科目理工類為語文、數學、英語、物理，文史類為語文、數學、英語、歷史；綜合能力測試主要考查考生的綜合能力和創新精神，亦分理工類和文史類進行測試。學校還將對考生進行心理測試，測試結果作為考生資格認定及入學後跟蹤培養的參考依據。報到及測試時間為2009年1月1日至3日，測試地點為南京市西康路1號河海大學校本部。學校根據考生文化基礎測試和綜合能力測試的總成績進行評定，對獲得自主招生認定資格的考生，將評定為優秀、合格兩個等級。
錄取政策為：凡獲得河海大學2009年自主選拔錄取認定資格的考生，高考成績（江蘇考生兩門選測科目等級為2B以上，下同）達到學校優錄條件，其本壹批次須第壹誌願(在設置平行誌願的省份須A誌願，下同)報考河海大學，填報的專業誌願須在考生所在省（自治區、直轄市）公布的河海大學同科類招生專業計劃範圍內（專業誌願須填滿，不得重復），且服從專業調劑，對測試成績優秀者，高考成績只要達到所在省（自治區、直轄市）本壹批次錄取控制線，學校將予以錄取；若考生所填專業誌願為其參加測試科類所對應的專業，學校將給其加20分參加該專業排序（江蘇考生加10分）；若測試成績為優秀考生人數的前20%，學校將滿足其所填的第壹個專業誌願（含基地強化班）。對測試成績合格者，高考成績達到學校投檔線下20分（江蘇考生為線下10分）以內，且不低於所在省（自治區、直轄市）本壹批次錄取控制線，學校將予以錄取；若考生所填專業誌願為其參加測試科類所對應的專業，學校將給其加10分（江蘇考生加5分）參加該專業排序；江蘇考生若學業水平測試選測科目等級為兩個A+，其高考成績只要達到省本壹批次錄取控制線，學校將予以錄取。對少數創新實踐或學科專業表現突出的特別優秀的入選考生，經學校招生領導小組審定，高考成績只要達到所在省（自治區、直轄市）本壹批次錄取控制線，學校將予以錄取。