本年，因長期出不了成果和不願忍受牛滿江的辱罵等原因，牛滿江實驗室副主任、副研究員薛國雄以及其他4人要求調離。
1990～1991年，牛滿江要求發育所支持其狀告孔憲鐸等，遭中國科學院拒絕
自1990年初以來，牛滿江多次給發育所寫信，稱自己打算上法庭告孔憲鐸等，要求得到發育所的支持。考慮這件事在國內外都會造成影響，發育所需要好的國際、國內環境進行安定的研究工作，1991年3月12日，發育所提出，牛本人和美國科學家之間的學術分歧由他們自己解決，發育所不參與。3月25日，中國科學院國際合作局致函發育所，稱學術分歧應自己解決，中國科學院不參與其中，這壹點應讓牛教授了解。
1991年，中國科學院生物局請國內外專家公開評議牛滿江的工作，多數專家認為繼續支持牛的工作意義不大。於是，中國科學院按程序停止供給牛滿江科研經費
1991年6月5日，中國科學院發育研究所給院國際合作局去文，介紹牛滿江課題組的情況：1、組內缺乏尊重的氣氛。不是中美雙方平等合作研究，而是牛滿江教授壹人為主。因而發生過發表論文不標參加人員名單的現象……某些年輕的科技人員感到，在牛滿江教授組工作沒有前途，要求調離該組。牛滿江教授現已78歲高齡，脾氣暴躁，往往聽不進不同意見。有時訓斥、謾罵組內科技人員，甚至院、所的領導。語言粗魯，往往不分場合地點，因而刺傷了壹些人的自尊心。有的科技人員氣憤地說：“為什麽我們國家每年花20萬，請壹位外籍華人來管我們、罵我們”。他組內有的人說：“我們大家伺候他，反而遭到責罵”。目前留在組內人員有的也是表面順從，而背後怨言牢騷很多。由於種種原因，壹位副研究員、壹位高級實驗師、二位助研、壹位技術員已先後離開。牛滿江教授曾經招收10名研究生，後來其中4位中途退學……牛滿江教授本人曾親自寫信或找所內研究人員談話，請他們與其合作，但雙方未達成協議。發育所曾多次向所內十幾位副研以上科技人員征求意見，詢問與牛滿江教授合作的可能性。除壹位副研表示有條件的提供壹些技術協助外，其余人員都表示沒有余力與其合作。2、與牛先生合作工作過的我所研究人員反映，對待研究工作的數據，牛滿江教授有時不夠科學和冷靜，並且聽不進與其配合的科技人員的意見。在國際上，對牛先生的工作也有不同意見……牛滿江教授和孔憲鐸等人的學術之爭，也使得支持和資助發育所的美國洛克菲勒基金會遭到指責。目前，牛滿江教授在花費精力，請律師與孔憲鐸等人打官司。這件事不僅牽涉發育所，也會影響到科學院……
發育所認為，“現在實際上是牛先生在美國退休後，科學院用院長基金支持他在發育所繼續他的研究工作”。他們指出：“隨著科研體制和管理方面的改革的深入，各類研究項目的立項和取得支持，都要經過壹定的咨詢、評議和論證程序，牛先生的課題沒有經過同行專家的評議和論證”；他們不好繼續用行政方式勉強為牛的課題組挽留研究技術人員；研究所經費非常緊張，無法支付20萬元/年的合作費用。
6月25日，中國科學院副院長李振聲召集生命科學與生物技術局（以下簡稱生物局）局長錢迎倩、國際合作局副局長程爾晉、發育所常務副所長馬誠等開會專門研究了前述問題。他們很想順應牛滿江課題組內科技人員的意見，不再支持牛滿江，但鑒於牛“會哭”，有高層領導人受蒙蔽而說過要支持他的話，未能想出讓他離開中國科學院的良方，只是決定將發育所的前述報告報送給國家科委的領導。
鄒承魯教授知道後，建議對牛滿江近年來的工作進行公開評議，以決定是否繼續經費支持。經中國科學院主管國際合作的副院長胡啟恒、主管生物學的副院長李振聲和牛滿江本人同意，生物局邀請3位國內專家、三位國外專家（分別為Temin、 Jacobson和吳瑞，均為牛本人推薦）對牛滿江的工作進行了書面評議。結果是，多數專家認為繼續支持牛的工作意義不大。於是，李振聲副院長親自約牛滿江談話，決定按程序停止供給牛滿江科研經費。牛滿江十分不滿，對李振聲等大拍桌子。
停科研經費後，院決定由國際合作局每年繼續邀請牛滿江來中國，科學院負責其食宿交通與醫療等生活和交流費用。
1992年後，牛滿江夫婦及其助手在全國許多省市遊歷並廣泛從事經濟活動，涉及金額十分巨大。在進行經濟活動時，他們動用了中國科學院的名義
1992年6月14日，牛滿江夫婦到山東大學威海分校考察，與分校就合作組建、經營牛滿江海洋生物工程研究中心事項達成意向。1993年2月13日，山東大學決定成立牛滿江海洋生物工程研究中心，設在山東大學威海分校。後來，他們又合作成立了山東大學（威海）牛滿江海洋生物工程研究開發有限公司。
1993年10月28日，牛滿江為中國食用菌技術開發有限公司（下稱“中菌公司”）的產品靈芝孢子粉題詞兩幅。壹幅為“自航靈芝孢子粉，生命科學之光”；另壹幅為：“賀自航靈芝孢子粉赴美展覽 育天下靈丹，除人間絕癥。”牛將上述題詞面交該公司法人代表潘自航。1994年，該公司用牛的題詞進行宣傳。1995年5月，牛滿江以使用其題詞侵犯其著作權為由，起訴中菌公司，索賠500萬元。1997年9月，北京市高級人民法院二審判中菌公司賠償牛滿江30萬元。
1994年1月，牛滿江等註冊成立牛滿江基金會，地址設在北京市昌平區王府花園別墅巡禮府15號，“有關部門無償劃給基金會200公畝地”。“主要經營籌集、使用、管理資金，獎勵生命科學領域有重大貢獻者，促進國際學術交流，開展專業人員培訓等。註冊資本100萬元”。
1999年10月5日，牛滿江攜帶合作項目到深圳參加“中國國際高新技術成果交易會”，得到了xxxxxxxx、xxxxxxxxx等人的會見。
2000年10月，牛滿江再次來到深圳高交會。他創立的牛滿江基金會與深圳紅達公司簽署協議，組建內蒙古豐鎮綠海有限公司，***投資2.03億元，分三期進行，首期投資9800萬元。同時，牛滿江基金會還和深圳羅湖區高新技術創業中心等單位***同投資成立了牛滿江生物工程孵化基地。總投資10億元，首期項目2億元。
2002年4月9日，“牛滿江生物科技園”在青島高新區舉行奠基儀式。這壹科技園是由牛滿江領導的實驗室提供技術支持、香港經綸投資有限公司投資、並與山東安納科技開發有限公司合作的，總投資5.8億元。
2004年5月18日，牛滿江夫婦到吉林省白城市考察。該市政府與牛滿江基金會合作建設“白城高科技玉米城”，其具體項目有賴氨酸、多蛋白轉基因玉米、藥用玉米等10余項，其中僅藥用玉米制藥基地的總投資就達9億元。
2004年12月18日，“牛滿江實驗室”在河北省、石家莊市和高新區的關註和大力支持下，正式掛牌運營。
2005年11月，河南省省長李玉成接見了牛滿江，決定依托河南農業大學組建“牛滿江河南生命科學研究院”。2006年上半年，省財政壹次性安排800萬元支持研究院建設。
2005年11月，牛滿江“根據‘外基因理論’而發明的“大豆蛋白玉米和人白蛋白玉米兩項專利技術”，以高價轉讓給了許昌元化生物科技有限公司。2005年11月15日河南《大河報》的相關報道稱，牛滿江的這兩項專利，“經中國科學院有關部門初步評估，價值達30億元人民幣”；“大豆蛋白玉米”項目總投資2.1億元，年產值可達15.3億元，實現出口創匯7200萬元、利稅6.1億元。
……
據《南方周末》2006年12月7日刊發的“由牛教授身邊工作人員提供的文章”《牛滿江：執著的追求 卓著的貢獻》稱，牛滿江“在國內被98個學術科研單位或企業聘為名譽教授或顧問”。
牛滿江的這些生意所涉及的“成果”包括對癌癥、糖尿病、血友病、冠心病、心肌梗塞、高血壓、中風等的治療，“白色汙染”的治理，奶牛的改良，大豆蛋白玉米的研制和推廣等，都是在他的不為國際科學主流所承認的“外基因理論”的指導下“做”出來的。
在進行這些經濟活動時，他們除聲稱牛滿江得到了xxxxxxxxxxxxxxx國家領導人的“充分肯定”外，也動用了中國科學院的名義。譬如，壹些廣告聲稱：某藥物的“完美新配方”由“國際頂尖科學家”、“世界生物學泰鬥”、“中美雙院士”、“中美兩國科學院院士”、“中國科學院博士研究生導師”牛滿江提出，“對心功能不全、冠心病、冠狀動脈粥樣硬化、心絞痛、胸悶氣短等心血管疾病起關鍵作用”。
2002年，中國科學院受命恢復給予牛滿江每年20萬元的補貼
據《牛滿江：執著的追求 卓著的貢獻》記載，“2002年7月，xxxxxxxxxxx會見牛教授夫婦，xx部部長xxx和副部長xx參加了會見。當xxxxxx知道牛教授在華工作住房和實驗室費用有時需要動用個人養老金補貼時，非常不安。為此，xx部和中國科學院領導達成***識，從2002年起恢復由中國科學院每年支付牛教授在華工作20萬元的補貼費用。”
2006年，中國科學院研究生院受命聘請牛滿江為博士生導師
據《牛滿江：執著的追求 卓著的貢獻》記載，“2006年6月29日，xxxxxxx在北京釣魚臺會見了牛教授及夫人張葆英教授，對國家教育部和中國科學院研究生院為牛教授每年招收2－3名博士生作了安排，目前正在申報成立牛滿江博士後流動站。”
2006年8月24日，《南方周末》刊登“鄒承魯與30年前的兩起學術腐敗事件”，這是國內的大眾媒體第壹次公開發表批評牛滿江的文章。牛滿江利用行政力量等給批評者施壓
2006年8月24日，《南方周末》刊登署名“石希生”的文章——“鄒承魯與30年前的兩起學術腐敗事件”（下稱“《鄒》文”）——探討如何遏制學術腐敗問題，其中涉及對牛滿江的批評，對行政幹涉學術的批評。
牛 滿江讓助手傅仲華和原發育所副所長徐壹誌等出面，給《南方周末》編輯部和《鄒》文的執筆人施壓。牛、傅、徐等宣稱，批評牛就是攻擊國家領導人，就是犯了政 治誹謗罪。如果執筆人不就《鄒》文向牛道歉，將被公安局直接抓入大牢，在監獄中度過後半生。如果《南方周末》不刊登道歉文章，他們將令其遭到關閉。他們還 稱自己得到了中央領導的支持。
盡管鄒承魯院士發布了由他對《鄒》文的內容負全責的三點申明（“1、《鄒》文是“鄒承魯傳記”中的壹章，該書作者為“中國科學院生物物理研究所”。2、《鄒》文原系鄒承魯的口述，內容完全由口述者鄒承魯負責。3、《鄒》文可以坦然面對歷史。而牛滿江、傅仲華等所講的與此相關的每壹句話都會被記錄在案，也將面對歷史、科學***同體以及全國乃至全世界的媒體。”），牛滿江等人仍堅持要找執筆人的麻煩，除讓派出所傳訊執筆人外，還於2006年10月27日、2007年9月28日兩次上門威脅執筆人。
《南方周末》在壓力之下，於2006年12月7日發表署名“鄭世廳”的文章——《牛滿江：執著的追求 卓著的貢獻》——為牛滿江作辯護。文前還有“編者按”：“牛滿江教授是世界著名的發育生物學家，是國人記憶猶新的愛國科學家。今年8月，本報曾發表壹篇涉及牛滿江教授的來稿，本版責任編輯未向牛教授方面核實相關內容，給牛教授的名譽帶來負面影響，這裏謹向牛教授表示誠摯的歉意，並刊發這篇由牛教授身邊工作人員提供的文章，敬請讀者關註。”但該文未能指出《鄒》文具體哪些話語有錯。
2006年12月中旬，中國科學院領導開會研究了牛滿江的問題，派人告訴派出所，不應越權介入學術爭鳴問題。
2007年4月，北京大學生命科學院院長饒毅發表文章評價牛滿江及其工作
在2007年4月發表於《科學文化評論》第2期的《鄒承魯：善者好之 不善者惡之》壹文中，饒毅教授如此評價牛滿江及其工作：“牛滿江……研究發育生物學，學術上有壹定水平，但是並不突出……他提出的RNA做誘導分子，歷史證明是錯的。本來也沒有關系，只是不應該稱為重要成果……我在哈佛時聽Gilbert的同事說過，2006年還聽另外壹個代表團成員說：美國壹個代表團在中國訪問時，諾貝爾獎得主、哈佛大學教授Walter Gilbert等 對牛所號稱的發現提出尖銳的批評。可是很奇怪的是，牛滿江不是通過做更多的實驗，或讓別人做更多的實驗，在國際科學期刊來以科學事實進行科學探討、科學辯 論，而是靠在中國用行政壓力、用媒體運作，令人生疑。中國的官員接見多少次、中文的媒體報道多少回，都不能改變科學事實。有這三十多年的時間，牛有經費， 就應該拿出科學事實來。科學史上，不被人馬上理解和認可的例子不少，都是靠科學事實來說話。”
2007年11月8日，牛滿江教授在北京逝世
中國科學院遺傳與發育研究所在牛滿江教授病逝後成立了治喪委員會和治喪辦公室，發布了訃告