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基因組高通量測序的技術發展

高通量測序平臺(high-throughput_genome_sequence_database) 自從2005年454 Life Sciences公司(2007年該公司被Roche正式收購)推出了454 FLX焦磷酸測序平臺(454 FLX pyrosequencing platform)以來,曾推出過3730xlDNA測序儀(3730xl DNA Analyzer)的Applied BioSystem(ABI)這家壹直占據著測序市場最大份額的公司的領先地位就開始動搖了,因為他們的拳頭產品毛細管陣列電泳測序儀系列(series capillary array electrophoresis sequencing machines)遇到了兩個強有力的競爭對手,壹個就是羅氏公司(Roche)的454 測序儀(Roch GS FLX sequencer),,另壹個就是2006年美國Illumina公司推出的Solexa基因組分析平臺(Genome Analyzer platform),為此,2007年ABI公司推出了自主研發的SOLiD 測序儀(ABI SOLiD sequencer)。這三個測序平臺即為目前高通量測序平臺的代表。

在最近幾年中,高通量測序技術已經由以凝膠板為基礎的方法(例如“S放射標記測序手冊、ABl 373、ABIPRISM 377、Li-corIR2型DNA測序儀)發展到毛細管測序儀(如ABI Prism 3100、3700和3730xl型DNA測序儀,Megabace1000和Megabace 5000)測序,已有關於制備DNA和測序的方法及設備的評論發表(Meldrum,2000a,b)。利用毛細管測序儀的轉變解決了凝膠板技術內在的通路追蹤問題,毛細管測序儀的自動化顯著提高了處理量,同時提供了更長的可測序長度。這些進展顯著增加了近些年產生的人類病原體的基因組數據。

TIGR現在的尖端測序設備包括25臺ABIPrism 3700DNA分析儀、24臺AppliedBiosystems 3730xlDNA分析儀、6臺ABIPrism 3100DNA分析儀。約有50個項目在同時進行。在2001年進行的測序反應超過了3 400 000個,而到2002年底已完成了6 000 000個反應。TIGR現今的測序能力為每年14 000 000個測序流程。

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