學院擁有國家級壇紫菜科技特派員創業鏈(基地)、鰻魚現代漁業技術教育部工程研究中心(在建)、東海海水健康養殖農業部重點實驗室(在建)、福建省壇紫菜種質資源庫、福建省水產防病技術研發中心、福建省水產科技與食品安全重點實驗室、 福建省水產科技實驗教學示範中心、福建省水資源示範中心。
研究生教育創新基地、廈門市飼料檢測與安全評價重點實驗室、集美大學水環境與漁業資源監測中心、集美大學水產實驗場、16校外本科教學實習基地總價值超過2500萬元。學院設有水產養殖學、漁業資源學、水生生物學、動物營養與飼料科學、水生生物疾病防治5個學科。其中水產養殖學、漁業資源學、水生生物學為福建省重點學科3個，動物營養與飼料科學為集美大學重點學科。“十壹五”期間，學院承擔國家863計劃、國家自然科學基金、省部級等各級科研項目220余項，在國內外各類學術期刊上發表學術論文493篇，其中112被SCI、EI、ISTP收錄。“十壹五”期間，* * *獲得省市科技進步獎15項，其中省科技進步獎2項，省科技進步獎3項。2006-2011年* * *申請國家發明專利23項，授權專利6項。已編審教材10多冊。
學院圍繞“培養學生創新精神，提高學生實踐能力”的宗旨，不斷推進學風建設。積極探索並不斷完善新形勢下以輔導員責任制、“學生導師”制、輔導員助理制為基礎的大學生思想政治教育新機制，高度重視並不斷加強大學生黨建和思想政治工作，開展豐富多彩的第二課堂活動，形成培養大學生良好人文素質和科學素質的氛圍和環境。在“挑戰杯”中國大學生創業計劃大賽、全國大學生英語競賽、大學生“三農”社會實踐等活動中取得了良好的成績。往屆畢業生受到了社會和用人單位的好評。