江蘇省藥物研究所新藥研制開發能力較強，在新藥產品研究開發取得較好的成績，***獲國家新藥證書139份。新藥成果轉化率達98%以上。70年代研究成功的治療血吸蟲病的緩釋制劑銻273是我國藥典收載的第壹個緩釋劑型。註射用兩性黴素B脂質體和註射用紫杉醇脂質體成為率先在國內上市的脂質體劑型。
近二十年來，研究所承擔國家自然科學基金課題12項、國家攻關項目5項、國家新藥基金8項,世界銀行貸款2項,部、省級重點課題53項，國際合作項目10項、廳局級42項，國內橫向協作課題700余項。50余項研究成果獲獎（其中國際獎1項，國家級獎5項，部省級獎26項），獲得發明專利34項。在國內外各類學術刊物上發表論文800余篇，編寫和參加編寫專著、譯著20余部。在國際交往中，研究所與美、英、法、日、德、瑞典、比利時、澳大利亞、東南亞等國進行了學術交流，接待近50批百余名專家來所訪問，並與世界衛生組織(WHO)、國際化學科學發展組織(IOCD)、美國德州農工大學眼科藥理研究所以及美國博士倫公司、香港福高制藥有限公司等建立了科研合作關系，25人參加國際性學術交流，3名專家擔任國際性專業機構會員或理事。
在長期的藥學基礎科學和應用研究的基礎上，在壹些研究領域，架構了新藥創制的技術平臺和技術優勢。我所對天然產物開展了多年的化學成份研究和活性篩選，開發了亮菌甲素、黃芪總甙、蛇床子總香豆素等天然藥物；緩（控）釋制劑技術、脂質體技術的研究達到或基本達到國際同類研究水平。
隨著基礎設施的建成和運行，將有利於充分發揮江蘇省藥物研究所新藥創新與開發的科研實力，提高江蘇省“三藥”的創新水平和產業化水平。為適應我國進入WTO及江蘇省“三藥”創制工程以及研究所轉制的需要，江蘇省藥物研究所將充分發揮自身優勢，加強對外的聯系與合作，促進科技與經濟的有效結合，努力發展成為以新藥研究開發為依托，以科技先導型產業基地為支柱的產、學、研、科、工、貿壹體化的新型研究所。