基礎醫學院是醫學校區的教學科研部門，承擔基礎醫學院、臨床醫學院、公共衛生學院、口腔醫學院、藥學院等各專業研究生、本科生和成人繼續醫學教育的全部基礎醫學課程教學。是醫學教育的重要基地和醫學基礎理論的研究中心，是多學科、綜合性的教學科研部門。
學院擁有甘肅省新藥臨床前研究重點實驗室，17個基層教學科研組織，1個辦公室，3個科研中心。基層組織分別是人體解剖與組織胚胎學研究所、遺傳研究所、生理心理研究所、醫學生物化學與分子生物學研究所、病原生物學研究所、免疫學研究所、病理解剖學研究所、病理生理學研究所、中西醫結合研究所、藥理學研究所、循證醫學研究所、外科研究所、新藥設計與合成研究所、神經科學研究所、護理系、基礎醫學實驗教學中心、醫學實驗中心。科研中心有循證醫學研究中心、結核病研究中心和遺傳學研究中心。
教職工206人，其中教學科研人員137人，實驗技術人員52人，黨政管理人員17人。教學科研人員中，教授23人，副教授27人，講師87人，博士35人，占教學科研人員總數的26%。其中教育部長江學者特聘教授1人，教育部長江學者講座教授1人，國家傑出青年科學基金獲得者1人，教育部崔瑩講座教授7人，新世紀支撐人才2人，跨世紀學科帶頭人8人，省級教學6500人。壹級“甘肅省領軍人才”2人，二級2人，甘肅省“333”、“555”人才工程壹、二級10人，“省衛生廳中青年學科帶頭人”3人，甘肅省青年教師人才獎獲得者7人，甘肅省青年科技獎獲得者3人。
中西醫結合臨床、遺傳學、生物化學、分子生物學兩個學科三個博士點；1省重點壹級學科:中西醫結合；壹級學科碩士點2個:基礎醫學、中西醫結合；生理學、病理學與病理生理學、病因學、人體解剖學與組織胚胎學、生物化學與分子生物學、中西醫結合臨床、免疫學、中西醫結合基礎、遺傳學與藥理學兩個學科10個碩士項目；本科專業有五個:臨床醫學、麻醉學、醫學影像學、醫學檢驗、護理學。現有本科生1500余人，研究生154人，博士生39人。省級重點實驗室1個:甘肅省新藥臨床前研究重點實驗室；省級實驗室1個:甘肅實驗動物質量檢測實驗室；省級實驗教學示範中心1個:基礎醫學實驗教學中心。
學院目前主持1項國家科技重大專項和2項國家科技重大子項目；主持國家自然科學基金重點項目1項，面上項目4項，青年基金項目2項；主持863項目1，973子項目1，立項國際合作項目2項，衛生部科研項目2項，甘肅省各類科研項目29項，蘭州大學青年交叉資助基金3項，蘭州大學醫學基金20項。近三年來，學院共申請國家發明專利23項，獲得專利12項。獲國家自然科學獎二等獎1，甘肅省自然科學壹等獎1，甘肅省科技進步二等獎3項；發表SCI論文近百篇。
學院有壹個開放的科研平臺，對校內外開放。實驗室占地面積12000 m2，擁有大型精密科研實驗儀器200多臺，設備總價值4000萬元。有分子生物學實驗室、細胞生物學實驗室、免疫學實驗室、生物芯片實驗室、PCR實驗室、電鏡室、細胞培養室、生物樣品制備室、低溫實驗室、DNA序列分析室、流式細胞儀室、激光聚焦顯微鏡室、核磁共振譜儀室、顯微圖像分析室、毛細管電泳室、高效液相色譜室、原子吸收分光光度計室、血液。