建議使用 NTFS 文件系統的原因如下：
NTFS 比 FAT 或 FAT32 的功能更強大，它包括提供 Active Directory 所需的功能以及其他重要安全性功能。只有選擇 NTFS 作為文件系統才能使用諸如 Active Directory 和基於域的安全性等功能。
將分區轉換為 NTFS 很容易。使用“安裝”程序可以很容易地進行轉換，不論您使用的是 FAT 還是 FAT32 或較低版本的 NTFS。這種轉換可以保持您的文件不發生變化（不像格式化分區）。如果不需要使文件保持原樣，且已擁有 FAT 或 FAT32 分區，則建議使用 NTFS 來格式化分區而不是從 FAT 或 FAT32 進行轉換。格式化分區會刪除分區上的所有數據，使您能夠從壹個清空的驅動器開始進行操作。
不論是用 NTFS 格式化分區還是使用轉換命令進行轉換，NTFS 都是文件系統的最佳選擇。有關 Convert.exe 的詳細信息，在完成“安裝”後，請依次單擊“開始”、“運行”，鍵入 cmd，然後按 ENTER。在命令窗口，鍵入 help convert，然後按 ENTER。
要維護文件和文件夾訪問控制並支持有限個帳戶，必須使用 NTFS。如果使用 FAT32，所有用戶都將具有訪問權，以訪問您的硬盤驅動器上的所有文件，而不考慮其帳戶類型（管理員、有限制的或標準的）。
NTFS 是壹種最適合處理大磁盤的文件系統。（下壹個性能僅次於 NTFS 並適於處理大磁盤的文件系統是 FAT32。）
有壹種情況可能需要將 FAT 或 FAT32 選為您的文件系統。如果必須有壹臺有時運行較低版本的 Windows，其他時間運行 Windows XP 的計算機，則需要使用 FAT 或 FAT32 分區作為其硬盤上的主（或啟動）分區。如果使用最新版本的 NTFS，則多數較低版本的 Windows 將無法訪問這個分區。兩種例外情況是 Windows 2000 和具有 Service Pack 4（或更新版本）的 Windows NT 4.0。具有 Service Pack 4（或更新版本）的 Windows NT 4.0 對具有最新版本 NTFS 的分區有訪問權限，但是有某些限制：它不能訪問使用在 Windows NT 4.0 發布時，尚未可用的 NTFS 功能存儲的文件。
但對於其他包含多個操作系統的情況，推薦的文件系統依然是 NTFS。
要點
壹旦將驅動器或分區轉換為 NTFS，則無法將其簡單地轉換回 FAT 或 FAT32。需要重新格式化驅動器或分區，這樣將刪除該分區上包括應用程序和個人文件在內的所有數據。
下面的表格介紹了每個文件系統與各種操作系統的兼容性。
NTFS FAT FAT32
運行 Windows XP 或 Windows 2000 的計算機可以訪問 NTFS 分區上的文件。運行帶有 Service Pack 4（或更高版本）的 Windows NT 4.0 的計算機可能可以訪問某些文件。其他操作系統則無法訪問。 可以通過 MS-DOS、Windows 的所有版本、Windows NT、Windows 2000、Windows XP 和 OS/2 進行訪問。 僅可以通過 Windows 95 OSR2、Windows 98、Windows Millennium Edition、Windows 2000 和 Windows XP 進行訪問。
下表比較了每種文件系統支持的磁盤和文件大小。
NTFS
推薦的最小卷大小約為 10 MB，
也可使用大於 2 TB 的卷。
FAT FAT32
無法在軟盤上使用。
容量可從軟盤大小到 4 GB。
不支持域。
卷的容量從 512 MB 到 2 TB。
在 Windows XP 中，只能格式化最大到 32 GB 的 FAT32 卷。
不支持域。
文件大小只受卷的容量限制。 最大文件大小為 2 GB。 最大文件大小為 4 GB。