3E級集裝箱船的設計工作早在2010年就已經開始，當時馬士基的想法是建造壹艘適用於亞歐航線的集裝箱船，每航程可以搭載更多貨物，油耗盡可能少，同時盡可能環保。該船最初的設計目標為船長與“Emma Maersk”號相近，但需要多裝載2500個集裝箱，在較低的航速下進行優化。
為了在不過多增加船長的基礎上，盡可能多地搭載集裝箱，該船的船體采用U形設計，上壹代的“Emma Maersk”號為V型，U型的好處是艙內可裝載更多集裝箱，因此3E級僅比E級長4米，寬3米，卻可多裝載2500個集裝箱，裝箱量增加了16%。3E級可裝載23排集裝箱，能更好地利用目前港口吊的延伸範圍，“Emma Maersk”號為22排。
布置特點。
“EmmaMaersk”號的甲板室和煙囪布置在船中部，封閉式駕駛橋樓位於甲板室頂部。3E級船的甲板室相對來說更靠前，駕駛橋樓位於甲板室頂部，機艙則位於船後部，煙囪位於機艙的上方。這樣的布置可允許駕駛橋樓前方的集裝箱堆疊得更高，同時仍保持足夠的可視性，能滿足SOLAS V/22規則對大型集裝箱船橋樓可視性的要求，另壹方面生活區的噪聲水平和振動水平也較低，還可以增加船體強度。不過這種布置特點並非3E級的首創，三星重工14000TEU、16000TEU集裝箱船以及STX公司的13000TEU集裝箱船都采用了這樣的設計。
從下圖馬士基公司不同年代從大到小四型集裝箱船的布置中可以看出，隨著裝箱量的越來越大，集裝箱船的駕駛橋樓在不斷地往前移，直到3E級船時，采用了上述駕駛室與機艙分離的“雙島式”布置。
馬士基四型集裝箱船橋樓布置對比圖
3E級船船型優化
為了達到最佳的效率，3E級船的設計團隊對船型進行了優化，首先使用CFD軟件對船體形狀進行優化，比如船首部分，優化前的設計方案如上圖（上），優化後的如圖（下）。圖中紅色和藍色的部分顯示了球鼻首產生的波浪，通過優化，將此處產生的波浪減至最少，從而減少能量損失。正是在CFD優化過程中，設計團隊意識到該船較低的航速允許超長沖程發動機以較低的轉速運轉，這樣可以通過使用兩臺發動機來減少油耗，比使用單臺發動機（高航速）更節省能源。
其次使用長10米，1：38的比例模型進行船模試驗，以檢驗3E船在正常海況和極端海況下的狀態。最後在海試階段還會對所有船上系統、油耗、報警器、振動、噪聲、動力管理等進行驗證。