重大專項的資金來源堅持多元化原則，包括中央財政資金、地方財政資金、單位自籌資金以及從其他渠道獲得的資金。各種渠道獲得的資金都應當按照“專款專用、單獨核算、註重績效”的原則使用和管理。
本辦法主要規範中央財政安排的重大專項資金（以下簡稱“重大專項資金”）的使用和管理。其他來源的資金應當按照相關資金提供方對資金使用和管理的具體要求，統籌安排和使用。 結合重大專項組織實施的要求和項目（課題）的特點，采取前補助、後補助等財政支持方式。
對於基礎性和公益性研究，以及重大***性關鍵技術研究、開發、集成等公***科技活動，壹般采取前補助方式支持。對於具有明確的、可考核的產品目標和產業化目標的項目（課題），以及具有相同研發目標和任務、並由多個單位分別開展研發的項目（課題），壹般采取後補助方式支持。
具
體支持方式，由牽頭組織單位結合項目（課題）特點和承擔單位性質在編制實施計劃時明確，經領導小組審核後，作為科技部、發展改革委和財政部（以下簡稱“三部門”）綜合平衡的內容之壹。 重大專項項目（課題）經費由直接費用和間接費用組成。
（壹）直接費用是指在項目（課題）實施過程（包括研究、中間試驗試制等階段）中發生的與之直接相關的費用。主要包括：
1. 設備費：是指在項目（課題）實施過程中購置或試制專用儀器設備，對現有儀器設備進行升級改造，以及租賃使用外單位儀器設備而發生的費用。各項目（課題）承擔單位應當嚴格控制設備購置費支出。對於使用重大專項資金購置的單臺/套/件價格在200萬元以上的儀器設備，應當按照《中央級新購大型科學儀器設備聯合評議工作管理辦法（試行）》的有關規定執行。
2. 材料費：是指在項目（課題）實施過程中由於消耗各種必需的原材料、輔助材料等低值易耗品而發生的采購、運輸、裝卸和整理等費用。
3. 測試化驗加工費：是指在項目（課題）實施過程中由於承擔單位自身的技術、工藝和設備等條件的限制，必須支付給外單位（包括項目和課題承擔單位內部獨立經濟核算單位）的檢驗、測試、設計、化驗及加工等費用。
4. 燃料動力費：是指在項目（課題）實施過程中相關大型儀器設備、專用科學裝置等運行發生的可以單獨計量的水、電、氣、燃料消耗費用等。
5. 差旅費：是指在項目（課題）實施過程中開展科學實驗（試驗）、科學考察、業務調研、學術交流等所發生的外埠差旅費、市內交通費用等。差旅費的開支標準應當按照國家有關規定執行。
6. 會議費：是指在項目（課題）實施過程中為組織開展相關的學術研討、咨詢以及協調任務等活動而發生的會議費用。應當參照國家有關規定，嚴格控制會議數量、規模、開支標準和會期。
7. 國際合作與交流費：是指在項目（課題）實施過程中相關人員出國及外國專家來華工作而發生的費用。國際合作與交流費應當執行國家外事經費管理的有關規定。
8. 出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費：是指在項目（課題）實施過程中，需要支付的出版費、資料費、專用軟件購買費、文獻檢索費、專業通信費、專利申請及其他知識產權事務等費用。
9. 勞務費：是指在項目（課題）實施過程中支付給項目（課題）組成人員中沒有工資性收入的相關研發人員（如在校研究生等）和臨時聘用人員等的勞務性費用。項目（課題）承擔單位聘用的參與重大專項研究任務的優秀高校畢業生在聘用期內所需的勞務性費用和有關社會保險費補助，可以在勞務費中列支。
10. 專家咨詢費：是指在項目（課題）實施過程中支付給臨時聘請的咨詢專家的費用。專家咨詢費不得支付給參與重大專項項目（課題）研究及其管理相關的工作人員。
11. 基本建設費：是指重大專項實施過程中發生的房屋建築物購建、專用設備購置等基本建設支出，應當單獨列示，並參照基本建設財務制度執行。
12. 其他費用：是指在重大專項項目（課題）實施過程中除上述支出項目之外的其他直接相關的支出。其他費用應當在申請預算時單獨列示，單獨核定。
同壹支出項目壹般不得同時編列不同渠道的資金。
（二）間接費用是指項目（課題）承擔單位在組織實施重大專項過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用。主要包括承擔單位為項目（課題）研究提供的現有儀器設備及房屋，日常水、電、氣、暖消耗，有關管理費用的補助支出，以及承擔單位用於科研人員激勵的相關支出等。
間接費用由財政部根據重大專項、項目（課題）的特點、項目（課題）承擔單位性質等因素核定。間接費用壹般不超過直接費用扣除設備購置費和基本建設費後的13%，其中用於科研人員激勵的相關支出壹般不超過直接費用扣除設備購置費和基本建設費後的5%。
間接費用由項目（課題）承擔單位統籌使用和管理。間接費用中用於科研人員激勵支出的部分，應當在對科研人員進行績效考核的基礎上，結合科研實績，由所在單位根據國家有關規定統籌安排。 財政部按照法定預算程序正式批復牽頭組織單位重大專項項目（課題）年度預算，並將批復情況函告科技部、發展改革委和領導小組組長單位。
“極大規模集成電路制造裝備及成套工藝”重大專項按照地方專款預算管理的有關程序執行。 項目（課題）承擔單位應當嚴格按照批復的預算執行，並通過特設賬戶管理和核算重大專項資金。
項目（課題）預算壹般不予調整，確需調整的，應當履行相關程序。在項目（課題）執行期間出現目標和技術路線調整、承擔單位變更等重大事項，致使項目（課題）總預算、年度預算、項目（課題）間接費用以及直接費用中設備費、基本建設費預算發生調整的，應當由牽頭組織單位按規定程序報財政部核批。 重大專項資金實行決算報告制度。重大專項資金決算應當包括中央財政資金、地方財政資金、單位自籌經費等渠道安排的用於重大專項的各種經費。
項目（課題）承擔單位應當按照規定編制年度財務決算報告。項目（課題）經費下達之日起至年度終了不滿三個月的課題，當年可以不編報年度決算，其經費使用情況在下壹年度的年度決算報表中編制反映。項目（課題）決算由承擔單位財務部門牽頭編制。項目（課題）決算報告按程序經審核、匯總後，於次年4月20日前報送牽頭組織單位。
重大專項項目（課題）通過驗收後壹個月內，項目（課題）承擔單位應當編制項目（課題）決算，將項目（課題）經費使用情況逐級（層）報至牽頭組織單位，牽頭組織單位審核匯總後報財政部。 後補助是指相關單位圍繞重大專項的目標任務，先行投入並組織開展研究開發、成果轉化和產業化活動，在項目（課題）完成並取得相應成果後，按規定程序進行審核、評估或驗收後給予相應補助的財政支持方式。
後補助包括事前立項事後補助、事後立項事後補助兩種方式。 采用事後立項事後補助方式的項目（課題），按規定程序完成立項後，牽頭組織單位組織評估項目（課題）成果價值並結合項目（課題）的實際支出，提出預算安排建議，按規定程序報財政部核批。
對於具有相同研發目標和任務，並由多個單位分別開展研發的項目（課題），壹般由牽頭組織單位根據驗收情況，提出具體後補助的項目（課題）建議，原則上只對其中壹個符合相關要求的項目（課題）給予後補助。同時，牽頭組織單位綜合成果價值和實際支出情況等因素，提出預算安排建議，按規定程序報財政部核批。 重大專項項目（課題）完成後，牽頭組織單位應當依據相關規章制度，組織對項目（課題）進行財務驗收。通過財務驗收是進行項目（課題）驗收的前提之壹。有下列行為之壹的，不得通過財務驗收：
（壹）編報虛假預算，套取國家財政資金；
（二）未對專項經費進行單獨核算；
（三）截留、擠占、挪用專項經費；
（四）違反規定轉撥、轉移專項經費；
（五）提供虛假財務會計資料；
（六）未按規定執行和調整預算；
（七）虛假承諾、自籌經費不到位；
（八）其他違反國家財經紀律的行為。 行政事業單位使用重大專項資金形成的固定資產屬國有資產，壹般由項目（課題）承擔單位進行使用和管理，國家有權進行調配。企業使用重大專項資金形成的固定資產，按照《企業財務通則》等相關規章制度執行。重大專項資金形成的知識產權等無形資產的管理，按照國家有關規定執行。
重大專項資金形成的大型科學儀器設備、科學數據、自然科技資源等，在保障有關參與單位合法權益的基礎上，按照國家有關規定開放***享，以減少重復浪費，提高資源使用效率。