2005年頒布、2011最新修訂的《中華人民***和國個人所得稅法》並沒有明確職務發明專利成果轉化所得是否需要納稅，也沒有明確適用的稅率是多少。比較相關的是“特許權使用費所得”；根據2011年“《中華人民***和國個人所得稅法》條例”解釋：特許權使用費所得，是指個人提供專利權、商標權、著作權、非專利技術以及其他特許權的使用權取得的所得。也即個人發明專利轉讓所得適用最高20%的所得稅率。職務發明專利權歸屬單位所有，職務發明專利成果轉讓所得現金由所在單位再分配給主要發明人，個人所得部分如何繳納個稅在目前的《所得稅法》中並沒有明確規定；而個人所得明顯不屬於工資、獎金所得。
但目前，單位壹般將職務專利轉讓所得現金以科研獎勵金或者年終獎金的方式發放給個人，按所得稅法，適用最高45%的稅率。根據個人所得稅法，稿酬、勞動報酬、特許權所得等的適用稅率均在20%以下；而工資、獎金所得的適用稅率最高可達45%，明顯偏高。
2007年國家稅務局印發《國家稅務總局關於取消促進科技成果轉化暫不征收個人所得稅審核權有關問題的通知》，明確科研機構、高等學校轉化職務科技成果以股份或出資比例等股權形式給予科技人員個人獎勵，經主管稅務機關審核後，暫不征收個人所得稅。在獲獎人按股份、出資比例獲得分紅時，對其所得按“利息、股息、紅利所得”應稅項目征收個人所得稅（20%）。獲獎人轉讓股權、出資比例，對其所得按“財產轉讓所得”應稅項目征收個人所得稅（20%），財產原值為零。2016年1月28日，國家稅務總局公告2016年第5號關於“取消促進科技成果轉化暫不征收個人所得稅審核”的後續管理，規定將職務科技成果轉化為股份、投資比例的科研機構、高等學校或者獲獎人員，應在授（獲）獎的次月15日內向主管稅務機關備案。對於成果轉化的現金所得並沒有明確是否需要納稅及適用法律條款。
2015年新修訂了的《中華人民***和國促進科技成果轉化法》明確提出“對科技成果轉化活動實行稅收優惠”，但沒有具體的個人所得稅優惠政策出臺。2016年2月國務院印發“實施《中華人民***和國促進科技成果轉化法》若幹規定的通知”明確規定不低於成果轉讓總金額的50%用於科研團隊和個人獎勵，但也沒有明確個人所得稅的適用法律條文。
2016年11月07日中***中央辦公廳、國務院辦公廳印發《關於實行以增加知識價值為導向分配政策的若幹意見》中明確規定，對符合條件的股票期權、股權期權、限制性股票、股權獎勵以及科技成果投資入股等實施遞延納稅優惠政策。今年8月，上海理工大學將三項太赫茲領域高科技成果的72%的股權獎勵給研發團隊，由於評估價值高達2900萬，獲取股權需要繳納上千萬的個人所得稅。在多個相關職能部門的***同努力下，科研團隊成功備案，成為全國首單科技成果轉化暫不繳納個稅的優惠案例。但該案例中所涉及的成果轉化所得是股權，而不是現金所得。
個人理解，在國家提倡科技創新的大環境下，以及目前相關法規、條例“稅收優惠”的導向下，成果轉化中個人現金所得應該參照《個人所得稅法》之“特許權使用費所得”或者“其他所得”項進行繳納，適用稅率不應該超過20%。同時應該盡快通過個人所得稅法修訂，明確和完善法律機制，以進壹步促進科技創新，降低科研人員的個稅負擔，保障科研人員的合法收入。