1995-2000年是材料科學與工程系穩步發展的時期。承擔了三項863計劃，兩項攀登計劃和兩項國家重大基礎研究發展規劃項目（973）。以固體微結構物理國家重點實驗室為材料探索的源頭，圍繞幾個有重大應用前景的成果，形成了從物理效應到材料設計直至器件應用的創新體系，獲得了壹批擁有自主知識產權原創性的器件、材料和技術。如研制成功鐵電超晶格寬帶超高頻聲學器件，被“863”專家組評價為“出色的工作，具有國際先進水平”；與美國摩托羅拉公司開始了長期合作研究；研制成功多功能全氧化物異質結構材料和器件；首次提出並研制成功“離子型聲子晶體”，將經典的離子晶體的紅外光學（頻率為THz）性質推廣到微波（頻率為GHz）波段，開拓了發展微波段光電子材料和器件的新方向，被2000年《中國科技發展報告》列為1999年度中國科學家最具代表性的研究成果（科技部）和中國高校十大科技進展之壹（教育部）。在材料的制備合成方面，發展了原位低壓電場誘導取向生長技術、激光晶化和刻蝕微加工技術、鐵電疇人工調制制備技術等。這些創新成果已申請了專利8項（其中4項已獲授權）。與此同時還發表了SCI論文230篇（其中2篇發表在Science上），為擴大我國材料科學研究的國際影響做出了貢獻。2000年，材料科學與工程系獲得材料物理與化學博士點。
2001－2006年，材料科學與工程系進入高速發展的時期。本學科受到了985和211工程建設的大力支持，學校投資近2200萬元，建立了“材料制備平臺”、“材料表征和評價中心”、 “納米微加工平臺”和“材料設計平臺”；成立了“環境材料與再生能源研究中心”。2003年，材料科學與工程系獲得材料學博士點。2005年，材料物理與化學學科成為江蘇省重點學科，進入江蘇省國家重點學科培育點。其間，主要承擔了國家863計劃6項，973計劃6項，國家自然科學基金項目29項，與Motorola、Rohm & Haas等知名公司開展了國際合作研究，承擔了江蘇地方政府、企業的課題，科研經費***計3900多萬元。
在教學方面，出版的《材料科學導論》及其教學實踐獲得2004年江蘇省高等教育教學成果壹等獎，國家教學成果二等獎。本學科是“2001-2005教育部高等學校材料科學與工程教學指導委員會”主任委員單位，主持修訂了本科生的培養方案和課程體系。