學校現設有森林資源與環境學院、木材工業學院、化學工程學院、機械電子工程學院、土木工程學院、經濟管理學院、人文社會科學學院、信息科學技術學院、風景園林學院、理學院、外國語學院、藝術設計學院、家具與工業設計學院、輕工科學與工程學院、汽車與交通工程學院、研究生院、應用技術學院、繼續教育學院、國際教育學院、體育教育部和公有民辦南方學院等21個院（部）、60個系（部）。
學校現有5個博士後流動站、3個壹級學科博士點、30個博士點及博士學位授權領域、2個壹級學科碩士點、54個碩士點及碩士學位授權領域和12個專業學位授權南林大廈領域，具有碩士、博士學位整體授予權和副教授、教授任職資格的評審權。現有林業工程1個國家重點學科壹級學科，生態學、林木遺傳育種、林產化學加工工程、木材科學與技術、森林保護學等5個國家重點學科二級學科、10個省部級重點學科。
第五教學樓學校現有“林木遺傳與生物技術省部***建教育部重點實驗室”、“江蘇省速生木材及農作物稭稈材料工程研究中心”、“國家林業局南方林木種子檢驗中心”等35個省、部級研究開發機構、重點實驗室和工程研究中心，有46個校級科研所和研究中心。學校每年在研課題500多項，近年來，承擔包括“973”、“863”、“948”項目、國家“十壹五”科技支撐項目和部、省重點項目累計700余項，國家自然科學基金累計200余項。通過鑒定的科研成果及批準專利560余項，有282項成果獲國家、部省級以上獎勵。其中，國家發明壹等獎1項、二等獎2項、三、四等獎各1項；國家自然科學獎二等獎1項；國家科技進步壹等獎4項，二、三等獎36項；部、省級獎勵235項。學校主辦有《南京林業大學學報(自然科學版、人文社科版)》、《林業科技開發》和《室內設計與裝修》等學術刊物，其中《南京林業大學學報》為中國核心期刊，《林業科技開發》已成為中國科技核心期刊
院系設置
★森林資源與環境學院
生態與環境科學系 植物學系 森林保護系 森林培育系 森林資源管理系 林木遺傳和基因工程系
★木材工業學院
化工學院木材科學工程系 包裝材料與工程系 木結構建築工程系 環境化學系 生物質復合材料系 熱能與動力工程系 工業裝備與自動化系
★化學工程學院
林產化學工程系 精細化工系 生物工程系 材料與環境工程系
★機械電子工程學院
林業機械與動能科學系 機械制造及其自動化系 自動化系 過程裝備與控制系
★土木工程學院
森林工程系 交通土建工程系 建築工程系 工程管理系 測繪工程系 給水排水工程系
★經濟管理學院
農林經濟管理系 工商管理系 財務與會計系 管理科學與工程系 經濟貿易系 法律系
★人文社會科學學院
社會科學系 中國語言文學系 廣告學系 旅遊管理系
★信息科學技術學院
計算機科學與工程系 電子信息工程系 電工與自動化系
★風景園林學院
風景園林系 城市規劃設計系 景觀建築學系
★理學院
應用數學系 化學與材料科學系 應用物理系
★外國語學院
英語系 日語系 大學外語教學部
★藝術設計學院
環境藝術系 室內設計系 廣告藝術設計系
★家具與工業設計學院
家具設計系 工業設計系
★輕工科學與工程學院
制漿造紙工程系 印刷與包裝工程系 輕工裝備與自動化系
★汽車與交通工程學院
交通運輸系 車輛工程系 交通工程系
★研究生院
★國際教育學院
新圖書館★應用技術學院
★繼續教育學院
★南方學院
語言文學系 藝術系 生物與環境科學系 材料與熱能工程系 機電工程系 計算機應用工程系 交通與土木工程系 化學工程系 林學系 風景園林系 經濟管理系
國家重點學科壹級學科（1個）
林業工程（涵蓋3個二級學科：木材科學與技術、林產化學加工工程、森林工程）
國家重點學科二級學科（5個）
生態學 林木遺傳育種 林產化學加工工程 木材科學與技術 森林保護學
國家林業局重點學科（7個）
林業經濟管理 水土保持與荒漠化防治 森林保護學 森林培育 森林工程 城市規劃與設計 植物學
江蘇省重點學科壹級學科（1個）
林學
江蘇省重點學科二級學科（3個）
森林培育 林業經濟管理 家具設計與工程
博士後流動站（5個）
林業工程 生物學 林學 農林經濟管理 輕工技術與工程
壹級學科博士學位授權點（3個）
林業工程 林學 生物學
壹級學科碩士學位授權點（2個）
環境科學與工程 管理科學與工程
國家級特色專業建設點（3個）
園林 林產化工 木材科學與工程
江蘇省品牌特色專業（建設點）
品牌專業（建設點）：輕化工程 木材科學與工程 林學 森林工程 林產化工
特色專業（建設點）：藝術設計 機械設計制造及其自動化 土木工程 林產化工 園林 工商管理 農林經濟管理 工程管理