歐洲專利局檢索:提交申請時，必須提出檢索請求，並支付檢索費。自申請日起約2年，收到歐洲專利局出具的檢索報告，並附專利申請的初步審查意見。
專利申請的公布:歐洲專利局將在申請日起18個月內公布專利申請。
實質審查請求和實質審查:申請人應當在提出申請的同時或者在歐洲專利局檢索報告公布之日起6個月內提出實質審查請求。在提出實質審查請求的同時，需要從歐洲成員國中指定特定成員國，並繳納審查費和指定費。如果繳納七次轉讓費，歐洲專利條約所有締約國都可以轉讓，但延伸國的轉讓費需要單獨繳納。歐洲專利申請在實質審查後進入實際審查程序，通常在實際審查後1-3年內收到歐洲專利局的審查意見。
歐洲專利授權:當審查通過時，歐洲專利局將發出授權通知書副本。申請人選擇同意授權文本並允許本申請進入授權程序，或者根據自己的意願修改文本或權利要求。同時，支付授權費並提交權利要求書的其他兩種語言的譯文。此外，還需要檢查優先權證明的翻譯件是否已經提交。上述工作完成後，歐洲專利正式授權，並頒發授權證書。
要在歐洲成員國生效，壹般來說，申請人在收到授權通知後，必須決定從指定國家名單中選擇生效國家，並通知歐洲專利局該專利將在哪些國家生效。在確定了生效國之後，按照各個生效國的規定，壹般需要將這個歐洲專利的所有內容翻譯成該國的語言，提交給生效國，這樣這個歐洲專利才能在該國生效。壹般來說，歐洲成員國要求從宣布授權起三個月內完成翻譯工作並在各國生效，宣布後九個月為異議期。所以如果申請人需要在多個國家生效，就需要準備更多的費用。完成在不同國家生效的工作後，申請人在不同國家擁有專利，相互獨立，每壹項都需要繳納年費。