由於EPC是歐洲專利組織及其執行機構歐洲專利局的法律基礎，EPC各締約國專利法及歐洲專利局的審查程序亦將因EPC的修訂發生變動。在此次修訂中，多項有關歐洲專利局審批程序的詳細規定從EPC中移至實施細則，便於歐洲專利局適應審批程序的更動，維持以往友好的用戶服務界面，讓申請人及專利申請代理人從中受益。
以下是EPC2000的若幹主要修訂及其對歐洲專利實務有可能產生的影響。
發明可專利性
EPC2000第521款規定“對於所有技術領域的任何發明，若其具有新穎性、創造性和工業實用性，授予歐洲專利。”上述用詞與EPC第521(EPC第521款規定對於任何有創造性並且能在工業中應用的新發明，授予歐洲專利)款的措詞並無實質性區別，但為了與TRIPs協議第271款(第壹句)相壹致，明確指出歐洲專利保護範圍涵蓋“所有技術領域”。然而，歐洲專利局已對此表示，“所有技術領域”範圍的引入並不會改變當前不能授予計算機軟件及商業方法專利權的慣例。
有關專利性排除和例外的規定，EPC2000分別在第52條和第53條中予以了保留。值得註意的是，EPC第524款(EPc第52.4款，對人體或動物體用外科或治療方法以及在人體及動物體上實行的診斷方法，不應認為屬於第壹款所稱的能在工業中上應用的發明。這壹規定不適用於為使用上述方法所用的產品，尤其是物質或合成)移至EPC2000第53c，雖並未對實質內容予以修正，但映射出對與治療有關的方法的可專利性哲學理念上的細微變化。在EPC2000中，任何對人體或動物體用外科或治療方法以及在人體及動物體上實行的診斷方法，仍不屬於歐洲專利可專利性範疇。由於大部分此類專利申請可能落／XEPC第52.1款有關可以取得專利的發明的定義中，出於尊重公***健康和相關政策考慮，EPC2000目前將此類專利申請由以往的發明排除項劃歸為不能取得專利的發明項，以該專利申請缺乏工業實用性為法律擬制(法律擬制，指法庭對事實作出的假設以作為裁決某壹法律問題的基礎，即假設某壹事實是真實的，即使它可能並不真實。法律擬制主要在司法推理過程中作出，以改變某壹法律規則的適用。)拒絕此類方法專利申請。此外，與EPc第524款壹樣，EPC2000第53c亦不適用於為使用上述方法所使用的產品，尤其是物質或合成。因此，EPC2000第52和53的細微更動，對目前的歐洲專利實務不會產生顯著影響。
新穎性和現有技術
和世界上其他國家的專利法體系壹樣，EPc也采納新穎性原則判斷專利申請是否落入現有技術範圍，如EPc第54 2(EPc第54 2款現有技術應認為包括在歐洲專利申請日前，以書面或口頭敘述的方式，使用或任何其他方法使公眾能獲得的東西)款(EPC2000第541款和54 2款保留了EPc相應條款的同樣表述)規定。壹般而言，對於在申請提交日(或優先權日)之前被公眾所知的發明披露不給予新穎性寬限期。
為避免專利重復授權，EPc第54 3款規定，在先申請的歐洲專利(即在先歐洲權利)，即使在後壹申請提交日當天或之後才予以公布，對後壹申請亦構成“現有技術”，而使後壹申請喪失新穎性，但第54.4款又補充說明，只有在兩件申請均被指定的國家才適用該規定。EPC2000第54.3款規定，如某具有在先優權日的歐洲(或歐洲－PCT)專利申請與在後提交的歐洲專利申請有著相同的公開主題，且公開日晚於後壹專利申請的提交日，均視為後壹專利申請喪失新穎性，但不影響其創造性。
在修訂之前，根據EPc第54.4款和實施細則第23a，只有在繳納指定國費用後，在先歐洲專利申請才會對後壹申請在指定的相同締約國內構成現有技術。這壹規定所產成的負面結果有二
其壹、考慮到各國的現有技術不同，專利申請可在不同的指定國提出不同的權利要求，其二、由於指定國費用最遲可在檢索報告書公開後6個月內繳納，致使在先申請於早期公開後仍無法確定對在後申請是否構成現有技術，造成法律上的不確定性。因此，為消除這種混亂，EPC2000刪除了EPC第54.4款。根據EPC2000第54.3款，對於在所有EPC締約國(並不僅局限於在先與在後申請***同指定的締約國)提交的與在先申請擁有相同的公開主題的在後申請，在先提交並已有效公開的歐洲專利申請對其新穎性構成現有技術。
對於EPC2000生效當日或之前處於有效待審期的歐洲專利申請(包括歐洲PCT申請)和授權歐洲專利，EPC2000第54條3款不具有追溯效力。
與治療有關的專利申請
EPC第54.5款規定，申請人可對在治療、外科手術或診斷有關的方法中首次或二次使用的已知物質或合成物提出專利申請，以此對上述方法不具可專利性形成折衷，這壹規定在EPC2000第54.4和54.5款中予以了保留。
EPC2000第54.4款規定，被EPC2000第53c(EPC2000第53c規定對人體或動物體用外科或治療方法以及在人體及動物體上實行的診斷方法，不應認為屬於能在工業中上應用的發明。這壹規定不適用於為使用上述方法所用的產品，尤其是物質或合成。)除在外的方法中使用的已知物質或合成物不包括在現有技術範圍內，因而對首次醫學指征權利要求予以了權利，其可用陳述壹種預期治療目的語言進行表述，如“合成物x作為藥劑使用”。
在此之前，任何新發現的已知物質或合成物的二次或進壹步的醫療使用都是通過瑞士型權利要求的語言得以保護。而此次修訂策略性地擴展了新穎性標準，將利用已知物質或合成物“用於特殊新的、具有創造性治療申請的藥劑制造”納入新穎性範疇。由於大部分EPC締約國的國家法律在認同二次醫療用途權利要求方面與EPC缺乏壹致性，EPC2000第54.5款旨在協調各締約國在此類權利要求項上的實務，使此類方法專利申請不再受到各國專利法的排除。
EPC2000第54.5款規定，在第54.4款中提到用於第53c款所指方法中特殊使用的物質或合成物符合可專利性權利要求，只要該使用具有新穎性， 如“合成物Y用於z的治療”。在這種權利要求中，合成物Y是壹種已知藥劑，並不專門用於治療z。然而，在EPC申訴委員會和各締約國法院未對新舊二次醫療用途權利要求形式的權利要求範圍差異制定解決方案之前，仍須對此類申請采取審慎態度。此外，EPC2000第54.5款僅適用於已知物質或合成物的新使用，並不適用於在此類方法中已知設備的新使用。對於EPC2000生效之前未授權，仍處於待審期的歐洲專利申請(包括歐洲PCT申請)，此修訂具有追溯效力。
專利申請權利要求解釋
EPC2000第69條規定，歐洲專利或歐洲專利申請(包括歐洲PCT申請)給予的保護範圍取決於公開的權利要求項內容，但發明說明書與附圖應用來解釋權利要求項。為進壹步明確權利要求的相關解釋，EPC2000針對第69條附加了補充解釋議定書，將其作為權利要求解釋的壹條指導原則，利於協調EPc各締約國法院對歐洲專利權利要求的相關詮釋，對專利權人予以公平的保護，並對第三方提供合理的法律確定性。
多年來，歐洲專利局對專利申請權利要求解釋的法律框架與EPc各締約國的國家司法都存有不協調。歐洲專利局目前亦承認，EPc締約國仍未在EPC2000第69條的補充解釋中對專利申請權利要求項的詮釋達成壹致。為推動這壹進程順利發展，第69條的補充解釋第2條中引入了等同概念，要求各締約國法院對與權利要求中標明的視為等同的任何要求項給予應有的考慮。然而，各成員國外交會議目前並未對“等同”的定義達成***識。因此，有約束力定義的缺失將對各方在歐洲專利組織成員國間為統壹歐洲專利的解釋所付出的努力構成威脅。
優先權要求
為了讓歐洲專利局的優先權確認準則與TRIPs協議相壹致，EPC2000第871b規定，壹件歐洲專利申請，只要其基礎申請是在世界貿易組織任壹成員國提出的申請，即使該國不是《巴黎公約》成員國，也可在首次申請提出後的12個月內享有優先權。
對優先權的形式要求進行實質性修訂，部分歸因於各國專利局頻繁使用電子通信。EPC2000規定，只有對優先權的有效性產生嚴重懷疑時，申請人才被要求將優先權文件翻譯為歐洲專利局的官方語言。若申請人在提交歐洲專利申請時未提供完整的優先權說明，則不會再對預期的優先權形成決定性的不利因素。然而，在提交申請時出具優先權的詳細材料，並在最初的優先權申請日起16個月內向歐洲專利局提交相關支持文件對申請人而言仍是壹個“更好的”選擇。
依照EPC2000第122條規定，若申請人未在《巴黎公約》規定的優先權期限內提交歐洲專利申請，可通過權利重建途徑對專利申請進行補救。當然，申請人必須充分滿足嚴格的“近乎苛刻”的標準以期有效恢復專利申請。
代理－客戶特權
在與歐洲專利申請和授權有關的業務中，歐洲專利代理人與客戶將對壹些保密信息進行，必要的交換，而這些信息必須予以嚴格的保密。鑒於認識到信息保密的必要性，EPC2000給予歐洲專利代理人與客戶的往來文件享受免於公開永久特權，並規定該特權適用於所有歐洲專利局程序。
這種依證據的特權適用於任何關於發明可專利性評估、歐洲專利申請文件的準備、申請執行情況的文件和資料、以及就任何有關歐洲專利有效性及保護或侵權範圍提出的建議性文件。
中間限制程序
EPC2000第105b和105c規定，專利權人有權對已授權的歐洲專利(從《歐洲專利公報》記載專利授權日起)隨時向歐洲專利局提交在所有指定的EPC締約國和延伸國進行單方面限制或撤回的申請，且不需向歐洲專利局提供在先權利的相關資料。受限後的歐洲專利由歐洲專利局予以公告。中間限制程序有利於專利權人在歐洲專利局層面上，對有可能被無效的歐洲專利進行實質性修正。
中間限制程序(EPC2000第105a-c，實施細則第90～96條)是應專利權人撤回或引入權利要求限制修訂、例外以及對專利說明書和說明書附圖予以修正的要求而增加和修訂的。專利權人可在專利授權後的任何時間向歐洲專利局提出申請，但異議程序期除外。此外，對正在進行的國家程序，尤其是撤回程序，歐洲專利局的限制程序不享有優先。若國家法院作出撤回決定，歐洲專利局最終決定的未決期將因此滯後。
EPC2000對專利權人針對權利要求的修正予以了嚴格限制：專利權人必須針對實質內容對權利要求提出修正，不能只是表面文字的修改j符合EPC2000第84條簡明清晰的要求：符合E PC2000第1 23條有關權利要求主題的嚴格要求。但是，中間限制程序並未要求歐洲專利局對修正後的權利要求是否符合EPc第52～57條專利性要求進行實質性審查。此外，若歐洲專利局拒絕專利權人提出的中間限制或撤回請求，專利權人不可對此提出申訴。
限制權利要求
EPC2000第1 38條規定，專利權人有權對處於國家無效程序中的歐洲專利自行加以限制，以期在所有EPC締約國中構建和協調限制程序實務。修正後的專利申請權利要求將作為國家階段審批程序的基礎。然而，如果國家司法機構認為專利權人限制後的權利要求不足以恢復該專利的有效性，將對修正予以拒絕，要求對該專利進行再次限制或撤回。
向擴大中訴委員會提出復審請
EPc規定，即使任何壹方認為對其權利存在著原則性的程序侵犯行為，也無權請求擴大申訴委員會對申訴委員會的裁決進行復審。因此，歐洲專利局申訴委員會的相關決定在EPc締約國亦被蒙上了免予復審的色彩。
EPC2000第112a條及實施細則第104-110條向專利申請人、專利權人和受影響方賦予了可對申訴委員會的決定予以進壹步司法復審的有限權利。申訴方可向擴大申訴委員會提出申請，但僅局限於某些特定理由，其中包括在決議制訂過程中的原則性程序錯誤及所發生的犯罪行為。原則性程序錯誤應當是實質性的，如申訴委員會成員的人選與被審理案件存在沖突，當事方妨礙案件的全面審理，對另壹方的聽審權造成嚴重損害(EPc認為聽審權極為重要，並在EPc第113條和EPC2000第113條中均對此予以了規定)。僅有壹定級別的國家法院或機構確認的上述犯罪行為能夠構成向擴大上訴委員會提出復審申請的有效理由，壹旦認定上述犯罪行為違背了刑法相關規定，在指定締約國該判決也同樣有效。
訴訟當事方無權請求擴大申訴委員會對申訴委員會在先期程序中是否正確施用了EPc實體法進行審查。因此，這壹請求對在先(有缺陷的)判決不具有中止效力。藉此，在擴大申訴委員會公布該請求的終審日前，被撤回的專利依舊視為撤回，擁有良好信 譽的使用發明的第三方仍可在不支付使用費或罰款的情況下繼續使用專利。若訴請成功，擴大申訴委員會的決定將推翻申訴委員會作出的在先決定及其判決效力，並退回申訴委員會予以進壹步審理。
歐洲申請日的確定
根據EPC第80條，申請人只有在嚴格按照若幹規定要求的情況下方可獲取申請日，其中包括以EPc指定語言撰寫的專利申請說明書和至少包括壹項權利要求的權利要求書。EPC2000大幅簡化了申請日獲取程序，並將大量申請日獲取要求移到實施細則中。根據EPC2000，申請人提交的申請文件中必須包含壹份專利申請說明書(以任何語言撰寫)，可暫不包含權利要求書，但應當在提交申請後的兩個月內補交。但在實際中，考慮到EPC2000第123 2款對補交事項的嚴格要求，申請人要對此慎用。申請人可考慮在申請時對每項可能的獨立權利要求項提交壹份寬泛(支持)的權利要求書，並在審批過程中對此予以修正。
EPC2000第14條對撰寫歐洲專利申請的語言予以了放寬，如可使用任何壹種語言提交專利申請，但必須在提出專利申請的兩個月內提交以英、法、德任壹語言撰寫的專利申請譯文。
發明的單壹性
EPc規定，如果歐洲專利局對進入歐洲階段的PcT申請制作補充檢索報告時認為該申請缺乏單壹性，將只針對權利要求書首項發明制作部分檢索報告，在申請人繳納補充檢索費的情況下允許申請人對其他技術方案提出檢索請求。但EPC2000對此卻予以了大幅修訂，對申請人的疏忽予以嚴格規定當EP0對進入歐洲階段的國際申請進行補充檢索時認為該申請缺乏單壹性，將只針對權利要求書首項發明制作部分檢索報告，不再給予申請人通過補交檢索費進行補充檢索的機會，該規定適用於對2007年1 2月1 3日當天或之後進入歐洲階段的所有PCT申請。EPc實施細則第1 1 2條廢止。盡管如此，值得壹提的是，EPC2000實施細則第64條亦保留了賦予申請人在2-6周時間內通過繳納補充檢索費進行補充檢索的機會。
EPC2000實施細則第164條規定，當歐洲專利局認為進入歐洲階段的PCT申請缺乏發明單壹性時，將根據兩種可能性繼續審查其壹，若歐洲專利局不是該申請的國際檢索單位，那麽在補充歐洲專利檢索中將權利要求首先述及的發明作為審查的基礎。但在補充檢索之前，申請人可對權利要求項提交修訂以確保希望獲權的發明為首先述及發明。其二，若歐洲專利局是該申請的國際檢索單位，只有當在國際階段多項發明被檢索的情況下，才會要求申請人選擇其中壹項發明進行審查。
因此，在申請進入歐洲專利局地區階段之前，盡早認識到單壹性的缺乏，提交權利要求修正以確保希望獲權的發明為首項發明對申請人而言非常有益。此舉壹方面可避免在時間上對申請人的不利，另壹方面亦可提高專利局的審批效率。當然，申請人可在前案結案之前主動提出分案申請。
歐洲專利申請的繼續審批
繼續審批程序是爭取更多時間完成程序或實質問題的壹條快捷有效的途徑。EPC2000第1 21條有關繼續審批程序的新規定大幅延伸了繼續審批的適用性，對幾乎所有的時間限制(包括歐洲專利局和EPC規定的時間限制)，如未繳納申請、檢索、指定和審查費用，以及超出實質審查請求期都給予了補救機會，
實際上，EPC2000第1214款及實施細則第1352款對不列屬於可申請繼續審批程序的時間限制予以了明確。對上述多數時間限制而言，權利重建可能是唯壹可借助的手段。此外，EPC2000對絕大部分請求繼續審批的形式程序都予以了保留。
權利重建
通過權利重建補救途徑，申請人或專利權人可恢復全部或部分因逾期為直接理由喪失的權利。EPC2000將大部分有關權利重建程序和期限的規定都移至實施細則中，與現行實踐大致相同。
盡管根據EPC2000規定，權利重建被排除在可申請繼續審批補救的時間限制之外。但是，對於錯過優先權期、繼續審查請求期以及有關異議和異議申訴程序相關期限而喪失權利的專利申請而言，權利重建將是壹種非常有用的恢復機制。