彭友良主要從事分子植物病理學的科研和教學工作。1992年回國以來，他主持了國家攀登計劃項目、國家教委“優秀跨世紀人才計劃”基金項目、國家自然科學基金傑出青年科學基金項目、國家自然科學基金項目、美國洛克菲勒基金項目等多項重要課題的研究，並取得了壹些有重要意義的研究成果：從水稻中發現、純化了兩種新的植保素，解明了其化學結構，並進行了該植保素及其衍生物的人工合成，這是我國學者首次報道新植保素的分離和結構解析；從水稻中純化了稻瘟菌誘導的兩種脂氧合酶，制備了抗血清，測定了其部分氨基酸序列，並以此為基礎克隆了編碼這兩種脂氧合酶的cDNA；首次從水稻分離純化了稻瘟菌誘導的脂肪酸過氧化物羥化環氧化酶；首次提出了“植物基因組中存在誘導性的、與感病相關的基因”的假設及其在持久抗瘟水稻基因工程中的應用方案，通過差異顯示法從稻瘟菌感染的水稻葉中分離出4種誘導性cDNA，分離了其中部分基因的啟動子；從尖孢鐮刀菌侵染棉花中發現了壹個與枯萎病癥狀表達相關的誘導性超氧歧化酶等。這些研究成果均具有明顯的創新性和先進性。
彭友良先後為研究生主講“高級植物病理學”、“植病專業Seminar”、“分子植物病理學”、“分子植物病理學實驗技術”、“分子植物病理學研究進展”等課程，在講授中及時地介紹國外前沿研究動態和進展，註意啟發學生創造性和科研積極性，深受學生歡迎，其中“分子植物病理學”被評為優秀課程。他主持建立了分子植物病理學實驗室，並於1997年被農業部批準為重點開放實驗室。