1 負責局文秘、機要、信訪、檔案、宣傳等工作；
2 負責局工作計劃和財務計劃的制定；
3 負責局財務、國有資產、行政事務的管理工作；
4 受國家知識產權局委托，管理國家知識產權局系統的房產和基建工作；
5 參與行政復議及行政訴訟的應訴工作；
6 負責局外事接待工作；
7 完成局交辦的其它工作。
二、黨委
1 負責組織實施局黨的思想、政治、作風建設工作；
2 負責開展馬列主義基本理論和思想在政治教育活動及精神文明建設的有關工作；
3 負責局黨員和黨務幹部的日常教育、管理、培訓及黨員發展工作；
4 參與領導幹部的考核(察)與民主評議工作；
5 負責對局屬各部門的專利執法和廉政建設的監督檢查工作;
6 負責接待和受理紀檢監察信訪舉報和申訴工作；
7 負責領導和指導工、青、婦等群眾組織的工作；
8 負責局統戰工作;
9 完成局黨組及直屬機關黨委交辦的其他工作。
三、人事教育部
1 負責組織制定局有關人事、勞資、教育、保衛、保密和防火等方面的規章制度與管理辦法；
2 組織制定並實施局人事教育工作的發展規劃與計劃；
3 負責局機關及下屬單位的機構設置和人員編制的管理；
4 負責局機關及下屬單位人員的專業技術職務（職稱）的評任（聘）工作以及專利代理系列職稱代評工作；
5 負責局幹部管理權限內所管人員的錄用、任免、調配(交流)、考核(察)和獎懲；負責幹部退休和人事檔案管理工作；
6 負責局機關及下屬單位人員的工資、福利和考勤管理工作；
7 負責局機關及下屬人員的教育、培訓和出國進修管理工作；
8 受國家知識產權局委托，負責國家知識產權局系統的安全保衛、保密和防火工作；
9 參與知識產權局智力引進工作和全國專利系統培訓工作；
10 負責國家知識產權局人才資源辦公室的日常管理工作；
11 完成局交辦的其它工作。
四、審查業務管理部
1 研究和擬定專利審查工作中、長期發展規劃和重要政策措施，制定和調整審查工作的年度計劃；
2 調整和平衡各部門審查工作或事務處理工作的定額標準；擬定審查獎勵的政策，負責超額獎勵政策的執行；
3 提出審查指南和辦事規程的修改意見，組織審查業務指導委員會的工作會議，擬定審查指南公報或審查工作規程、規章並組織實施；
4 制定和調整審查工作質量管理辦法和標準；組織局實審和初審質量檢查；
5 負責專利審批流程中各業務部門之間及與涉外代理機構之間的協調工作；
6 協調和統壹全局審查用表格、審查用標準語段工作，參與審查用標準語段計算機輔助審查系統的建設；
7 組織開展審查業務研究活動，編輯出版審查業務通訊；
8 負責新審查員的培訓和審查員審查業務知識的更新；
9 負責實審部審查過程中申請文檔的交接、管理和相應的數據采集、期限監控和統計工作；
10 完成局交辦的其它工作。
五、信息化辦公室
1負責提出局信息化工作中長期規劃和年度計劃方案，並組織和協調實施工作；
2負責局專利信息資源的宏觀管理，管理信息化設備和信息化項目，並負責局信息安全工作；
3負責全國專利系統信息化建設工作的組織實施；
4參與國家信息化的相關工作；
5參與知識產權信息化工作的國際合作與交流；
6完成局交辦的其他工作。
六、初審及流程管理部
1 負責受理專利申請
2 負責接受專利申請的中間文件及其他各類請求文件；
3 負責發明專利申請初步審查；
4 負責專利檔案的管理；
5 負責頒發專利證書；
6 負責編輯出版專利公報和專利說明書；
7 負責收取並管理專利費用；
8 負責和組織發明、實用新型專利申請的分類及研究工作。
七、機械發明審查部
機械發明審查部成立於專利局建局之初，是專利局設置比較早的部門之壹。目前設有：輕紡處、切削加工處、動力處、包裝處、交通運輸處、無切削加工處和傳動處7個業務處，承擔農林畜牧業、漁業、食品與煙草加工、紡織加工處理、礦產勘探與加工、機械加工、交通運輸、武器彈藥等相關領域內發明專利申請的實質審查和PCT國際檢索及國際初審等工作。
八、電學發明審查部
負責計算機、半導體、元器件、電力技術等技術領域的發明專利申請的實質審查。
九、通信發明審查部
負責通信、網絡、圖像、信息記錄等技術領域的發明專利申請的實質審查。
十、醫藥生物發明審查部
負責藥品、生物工程、食品工程等技術領域的發明專利申請的實質審查。
十壹、化學發明審查部
負責有機化學、高分子化學、藥物化學、農業化學等技術領域的發明專利申請的實質審查。
十二、光電技術發明審查部
負責光學工程、自動控制、計量、分析儀器、醫療儀器、影像儀器等技術領域的發明專利申請的實質審查。
十三、材料工程發明審查部
負責無機材料、材料加工、化學工程、石油、冶金、熱能、建築與環境工程等技術領域的發明專利申請的實質審查。
十四、實用新型審查部
實用新型審查部是國家知識產權局專利局的職能部門，主要負責實用新型專利申請的初步審查，實用新型專利申請檔案的管理，以及其他有關業務工作，下轄七個處，其中包括四個審查處、兩個流程管理處和壹個研究處，***計158人。
十五、外觀設計審查部
1負責外觀設計專利申請的分類、審查與授權；
2負責外觀設計專利申請授權前及授權後的流程管理和事務處理；
3負責外觀設計專利申請和專利檔案的管理；
4負責外觀設計專利申請和專利各項費用的處理；
5負責外觀設計專利申請的專利權人、申請人、設計人、代理機構等著錄項目的變更；
6負責外觀設計的研究和學術工作；
7負責外觀設計和工業設計的評審活動；
8負責與外觀設計專利申請和專利有關的查詢及接待；
9出具外觀設計專利申請和專利的有關證明；
10完成局交辦的其他工作。
十六、專利復審委員會
1 對不服專利局駁回申請和撤銷或維持專利權的決定提出的復審請求進行復審；
2 對無效宣告請求進行審理；
3 負責有關發明案件訴訟的應訴工作；
4 參與專利確權和專利侵權技術判定的研究工作；
5 接受人民法院和專利管理機關的委托，對專利確權和專利侵權案件的處理提供咨詢意見。
十七、專利文獻部
1 負責專利文獻的收集和國際交換；
2 負責建立、制備和管理審查用檢索檔案（包括專利文獻和非專利文獻）；
3 負責專利文獻館的工作，向社會提供專利信息服務；
4 負責全國專利文獻網絡和信息服務的業務指導工作；
5 負責專利文獻的研究。