1.兩者的法律基礎不同。
軟件著作權保護的依據是《著作權法》和《計算機軟件保護條例》。軟件的專利保護以專利法為依據，具體審查標準需要參考國家知識產權局專利審查指南第二部分第九章《關於審查涉及計算機程序的發明專利申請的若幹問題》。
2.保護期和維護費用不同。
軟件著作權保護期為創作者終身及其死亡後50年，截止於其死亡後50年的12月31日；
如果是合作作品，截止到最後死亡的創作者死亡後第50年12月31日；
以及法人和其他組織的作品，法律規定的著作權保護期為50年。
這方面只交前期申請費，後期沒有維護費。
壹般來說，軟件專利是對發明專利的申請，保護期限為自申請日起二十年。
發明專利需要每年繳納年費。期滿後未繳納的，視為放棄專利權。
3.保護的基本原則是不同的。
軟件著作權是軟件創作完成後自動產生的，也是自願登記的。登記的目的是體現公證的效力，主要是宣示著作權的歸屬。後來維權證據更強，是手機軟件上架必備。如果申請高，還可以享受最高30%的減稅，最高200萬的國家補貼。
軟件專利只有向國家專利局提交申請才能得到保護，所以必須積極申請，而專利制度的基本原則是“以公開換取保護”。
4.申請的成功率不壹樣。
軟件著作權實行登記制，只要求形式審查時提交的材料符合規定，不違反著作權法的規定。註冊成功率很高。
軟件專利需要通過形式審查和實際審查。通常純軟件專利不容易獲得權利，軟硬件結合會提高授權率，但整體成功率比較低。
5.發證周期時間不壹樣。
軟件版權可以在不泄露的情況下得到保護，創作者可以更快的得到版權保護。如果選擇加急方式申請軟件著作權，6-12個工作日即可領證，不成功全額退款。那種時效性可以幫助版權人快速占領市場，獲得相應的政府資助。
專利軟件的版權也有很多不同。軟件版權是註冊的，軟件專利不容易獲得。軟件著作權是軟件創作完成後自動產生的，發明專利需要每年繳納年費。軟件著作權的白色保護期為創作者生死後50年。