1，保護原理不同
軟件著作權是在軟件創作完成後自動產生的，也是軟件著作權的自願登記。登記的目的是體現公證的效力，主要用於宣示著作權的歸屬，同時也是為了後續維權的證據更強。
軟件專利必須向專利局申請才能獲得保護，所以必須積極申請，專利制度是以“公開換保護”為原則的。
2、保護基礎不同
軟件著作權保護的依據是《著作權法》和《計算機軟件保護條例》。軟件專利保護的基礎是專利法。具體審查標準參見《國家知識產權局專利審查指南》第二部分第九章“涉及計算機程序的發明專利申請審查的若幹問題”。
3.不同的保護對象
軟件著作權申請提交的材料是源代碼和用戶操作手冊，所以軟件著作權保護的是表達，而不是想法。這樣就有可能讓競爭對手研究妳的軟件，然後改變編程語言達到同樣的結果，但是因為代碼不壹樣，所以不侵犯版權。
而軟件專利則是在申請時描述軟件的設計思路(註意壹定要用技術方案的形式表達，或者最好和硬件結合)，包括軟件流程圖的內容，而不是主要說明用哪種編程語言來實現。壹旦授權，他人只要采用軟件專利的設計思想或方案，都可能構成侵權。
4、通過率不同
軟件著作權是登記制，壹般不需要實質審查。只要形式審查時提交的材料符合要求，不違反著作權法的規定，就可以授予軟件著作權，登記通過率極高。
軟件專利需要形式審查和實際審查。壹般純軟件專利不容易獲得權利，軟硬件結合會提高授權率，但通過率總體來說還是不高。
5、保護期限不同
法律規定的人民作品相關著作權保護期為作者生前及死後50年；對於法人和其他組織的作品，法律規定的相關著作權保護期為50年。
軟件專利只能申請發明專利，保護期為自申請日起20年。