根據上述職責，市科技工業信息化局內設6個科級職能機構：
（壹）辦公室（行政審批辦公室）
處理局機關的日常工作，協調各科的工作關系；負責起草綜合性文件；負責會議組織、秘書事務、綜合信息、文電管理、文書檔案和機要保密工作；制定機關內部的規章制度；負責信訪工作；負責組織人事、離退休人員管理和黨群工作；負責機關財務及後勤事務工作。
負責受理本單位行政審批事項；按授權辦理行政審批事項，送達行政審批決定。
（二）發展計劃科（科技信息動員辦公室）
組織編制科學技術發展中長期規劃；負責擬定並組織實施重點科技計劃和各類科技專項；提出綜合平衡、方案調整和相關配套政策建議，並跟蹤和監督實施；組織申報國家、省級各類科技計劃並監督實施；負責歸口管理和統籌安排各類科技經費；編制產學研結合發展規劃、年度計劃和產學研結合專項資金項目並組織實施；負責科研機構資格審核工作；負責計劃內項目的實施、鑒定、驗收和監督工作；牽頭負責科技信息動員準備建設工作。
（三）工業經濟科（三亞市應對氣候變化及節能減排工作領導小組辦公室）
負責編制工業中長期規劃和年度計劃；研究並提出優化工業產業、所有制和企業組織結構的政策建議；協調解決工業經濟發展中的重大問題並提出意見和建議；協調各工業行業，規範行業行為；協調解決產業工業園區發展中的重大問題；組織實施高新技術、工業領域的重點科研、開發項目；負責高新技術企業、產品、技術和項目的認定；組織專家對先進技術引進、重大技術改造、重點技術工程項目進行立項論證、評估；承擔市級工業園區入園企業的資格認定及目標考核評價工作；協調國防科技工業部分工作。組織協調全市重大節能減排示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用工作；承擔市應對氣候變化及節能減排工作領導小組辦公室日常工作。
（四）信息化科
指導和推進全市國民經濟和社會服務的信息化工作；組織編制信息化發展規劃和計劃；組織編制電子政務建設規劃並組織實施；承擔信息安全應急協調和數字認證相關工作；負責信息企業（信息產品制造企業、軟件企業）、信息產品（軟件產品）的認證工作；協調信息網絡（包括公用通信網、廣播電視網和其他專用通信網）的行業管理；推進軟件服務外包；指導、協調信息安全技術開發；協助推進國家及省重點信息化工程；承擔市信息化建設領導小組的日常工作。
（五）農村與社會科技科
擬定農業和農村科技發展的規劃和政策；組織實施農業領域的科技計劃；指導和組織農村科技服務體系建設（農業科技服務110工作辦公室）；負責院地科技合作及南繁科技支持服務工作；擬定可持續發展、旅遊度假、資源環境、醫藥衛生、公***安全、大專院校、人口社區、城鎮與城市化發展以及生物技術等社會發展領域的科技規劃、政策及科技計劃；會同有關部門推進農村信息化工程建設。
（六）知識產權科（三亞市知識產權局）
組織協調全市保護知識產權工作，推動知識產權創造、運用、保護和管理體系建設，統籌、協調、指導知識產權戰略的實施工作；組織實施專利產品開發計劃項目，指導專利技術的推廣應用；負責調處專利糾紛和查處專利違法行為的工作；負責專利代理人和代理機構的資格審核工作；負責知識產權宣傳工作；負責技術合同的認定登記與管理工作，參與技術合同糾紛的仲裁；負責科技成果的登記、鑒定和科技獎勵工作；負責國家級、省級科技獎勵的推薦上報工作。