SciFinder Scholar收錄有六個數據庫，但在Database選項中只出現了CAPLUS、MEDLINE、REGISTRY、和CASREACT四個數據庫，其中MEDLINE數據庫可以選擇使用，而CAPLUS、REGISTRY、和CASREACT三個數據庫都是默認檢索的。因CHEMLIST和CHEMCAT兩個數據庫可以提供的檢索途徑很少，而且由於某壹化學品可能同時是好幾家公司的產品或好幾個國家的管制品，無法進行統壹檢索，那這兩個數據庫是如何使用的呢?其實，在SciFinder Scholar中，是內含CHEMLIST和CHEMCAT兩個數據庫的，可以通過物質查詢獲得這兩個數據庫中的相關信息。SciFinder Scholar的檢索主要有兩種方式，Explore(檢索)和Browse(瀏覽)。對獲得的檢索結果可以再進行二次檢索(Refine)，還可以對檢索結果進行分析(Analyze)。
3.1 Explore(檢索)
Explore可查找化學相關的所有信息及結構，具體有5種途徑。
3.1.1 Chemical Substance or Reaction。
通過系統提供的結構繪制軟件繪制化學結構，可獲得和該物質相關的文獻信息、生產該化學制品的廠商信息、查看該物質的3D模型(須安裝相關軟件如ViewerLite)、查看管制的重要化學藥品列表、獲得反應信息等。通過物質名稱、CAS Registry(物質登記號)或分子式，可獲得物質的詳細信息及其相關文獻信息。
3.1.2 Research Topic。
可通過自然語言檢索，檢索時在Additional Options中，可限制文獻出版年代、文獻類型、文獻語言、作者、公司名稱。輸入檢索詞後，系統首先顯示壹個候選表，按輸入檢索詞的不同搭配顯示命中結果數，選擇其中1個或多個感興趣的主題，查看具體的命中記錄。
3.1.3 Author Name。
通過輸入作者的姓名來檢索文獻，其中“姓”是必須項，必須輸入全稱，“名”可以輸入全稱也可以輸入縮寫。
3.1.4 Document Identifier。
通過文獻的標識號碼檢索文獻，如CA文摘號、專利號、專利申請號、PubMed ID等。
3.1.5 Company Name/Organization。
通過公司名稱/機構檢索，獲得和該機構的研究相關的文獻信息。
3.2 Browse Table of Contents
可按期刊名稱瀏覽期刊內容，系統首先顯示最新壹期的內容，用戶可選擇其他卷期瀏覽。
3.3 Refine(二次檢索)
在二次檢索界面，可通過3個檢索途徑(Research Topic、Company Name、Author Name)和5個限制條件(Publication Year、Document Type、Language、Database、Full Text Availability)，在上壹次獲得的檢索結果中再次檢索。
3.4 Analyze(分析檢索結果)
SciFinder Scholar為用戶設計了分析檢索結果的功能，可按Author Name、CAS Registry Number、CA Section Title、Company/Organization、Database、Document Type、Index Term、Journal Name、Language、Publication Year、Supplementary Term這11個項目對檢索結果進行統計分析。分析工具不僅可以使用戶更清晰地了解和該主題相關的研究狀況，比如哪些機構、哪些研究人員在從事相關的研究，還可以使用了解這些檢索結果中出現了哪些物質、哪些索引詞、來自哪些數據庫，這些文獻在哪些期刊上出版、何年出版等。根據統計表，可從檢索結果中挑選最滿足檢索需求的文獻，以進壹步查看詳細信息。