山東省生物信息工程技術研究中心，2001年2月經山東省科技廳批準成立，是山東省唯壹壹家專門從事生物信息學和計算生物學的科研機構。研究中心主任是著名數學家，中國有限幾何研究的奠基人，中國最早從事編碼和密碼學研究的數學家之壹，中國科學院院士萬哲賢教授。學術委員會主任為著名理論生物學家、中國科學院院士張春霆教授。本中心實驗室總面積500多平方米，設有計算生物學實驗室、生物信息學實驗室、蛋白質功能分析實驗室、天然產物活性與藥理實驗室、細胞培養室等實驗室。中心擁有壹支年富力強、搭配合理、專業研究背景重疊的研究團隊。
目前，該中心的主要研究方向包括:計算生物學、生物信息學、計算機輔助藥物設計、蛋白質結構功能分析、天然產物活性和藥理學。該中心長期致力於神經退行性疾病的發病機制和藥物研發、生物活性分子的構效關系、藥理學和耐藥機制等國際前沿和熱點課題。，並取得了壹系列標誌性成果，逐步形成了“將理論研究與實驗研究優勢相結合，探索生物學領域前沿課題”的研究特色。
近年來，我中心在SCI檢索上發表了150多篇論文，其中在N. Engl.J.Med (if: 51.7)、Trends Biochem上發表了壹系列論文。SCI。(if: 13.0)和Genome Biol。(如果:10)。趨勢摩爾。醫學。(if: 9.6)，embo rep. (if: 7.2)，bio essays(if:5.5)，自由基生物學。醫學。(如果:5.3)，j .阿爾茨海默病。(if: 4.2)，骨(if: 4.66)。發表的論文被國內外同行廣泛引用，單篇論文最高引用超過100次。相關成果獲教育部自然科學獎二等獎1項，山東省高校優秀科研成果壹等獎2項，二等獎1項。近年來主持國家863計劃、國家自然科學基金、山東省自然科學基金項目10余項。在學術交流與合作方面，近年來，中心與美國俄亥俄州立大學、意大利米蘭大學等多家國內外科研機構建立了密切的合作關系。
目前，該中心是山東理工大學和山東省重點科研機構之壹。我們將堅持發揮優勢、突出特色、勇於創新、重視轉化的原則，努力把自己建設成為壹個開放、流動、具有國際影響力的學術群體。
[2]進化和發育生物學實驗室
發育與進化生物學實驗室是學校批準的研究機構，是生物化學與分子生物學碩士點的研究方向之壹。目前已建成技術水平較高的實驗室，集發育生物學、分子生物學、免疫學、進化生物學、生物信息學於壹體。實驗室現擁有美國ABI實時PCR儀、瑞典TECAN ELISA儀、德國蔡司先進顯微鏡、貝克曼超速高速離心機、美國阿默森生物科學公司AKTA FPLC蛋白質分離純化系統、日立F-4500熒光分光光度計、Biometra Tgradient 96梯度PCR儀、日本Eyela冷凍蛋白質幹燥系統、Amashanm公司紫外分光光度計、核酸雜交系統、超聲波粉碎機、高溫高壓滅菌器和高溫幹燥器等儀器設備，為從事高水平開發和進化生物學研究奠定了基礎。
發育與進化生物學實驗室主要以模式動物文昌魚、渦蟲和體外培養的細胞為研究對象，利用現代生物技術研究與發育、再生和先天免疫相關的基因表達和功能，結合生物信息學方法分析動物的起源和進化規律。具體內容和特點:
(1)基礎研究:通過綜合實驗和理論研究方法相結合，進壹步研究低等真核生物(如渦蟲)和原生動物(如文昌魚)的亞細胞和遺傳分化進化機制，在核酸、蛋白質及其組成的復雜網絡等多個層面深入研究動物胚胎發育、神經再生、天然免疫的起源和進化，並探索其功能。涵蓋了發育進化、基因表達調控、蛋白質功能等生物學熱點領域。
(2)應用基礎研究:研究外源物質(如汙染物和藥物)對渦蟲和培養細胞行為和基因表達的影響，重點研究汙染物和藥物在分子和生化水平上對渦蟲的生態毒理和藥理作用。為低濃度長期暴露的快速生態毒理學診斷和風險評估提供方法學和科學依據，為藥物篩選提供理論參考。
發育與進化生物學實驗室經過幾年的發展，已經形成了相對穩定的研究內容和研究梯隊，形成了自己的研究特色。在文昌魚的功能基因和天然免疫因子方面積累了良好的研究，取得了壹定的科研成果。其次，對神經再生基因的調控和渦蟲體軸的形成進行了基礎研究，為以後的工作奠定了基礎。
實驗室現有教授2人，副教授3人，講師2人，其中博士7人。承擔國家863計劃1項目、國家973計劃1子項目、國家自然基金1項目、山東省自然基金2項、教育部1重點研究項目；近三年發表學術論文38篇，其中SCI/EI收錄17篇，山東省自然科學獎壹等獎(2007年)1篇。發育與進化生物學實驗室師資力量雄厚，研究團隊充滿活力，形成了優勢和特色明顯的研究方向。誠邀海內外有誌之士和青年學子加入我們的團隊。
導演:趙博生
[3]植物分子生物學實驗室
本實驗室主要研究逆境條件下活性氧、激素、鈣等信號分子對植物生長發育、基因表達和次生代謝的調控。其特點如下
1.植物器官形態發生的信號轉導與調控。
利用模式植物——水稻，研究細胞氧化還原狀態的調節以及活性氧、激素、鈣、壹氧化氮和糖的信號轉導與植物器官尤其是根系形成的關系，探索逆境條件下調節器官形態發生的分子機制。以擬南芥和水稻為模式植物，研究稀土的生理功能和毒性，探索其活性與毒性的關系，特別是稀土對植物的興奮效應(低促進高抑制)與鈣和活性氧的信號轉導和基因表達的關系。
2.逆境條件下次生代謝的調節機制及其與植物抗逆性的關系。以鹽地堿蓬等抗逆性強的植物為材料，探索鈣信號與番茄紅素積累、合成相關基因表達以及逆境條件下植物抗逆性相關基因表達的關系。以雨生紅球藻為材料，研究逆境條件下植物激素、蝦青素合成關鍵酶基因的表達調控與蝦青素積累的關系，將逆境生理與次生代謝有機結合。
3.利用基因工程技術將重要基因轉入植物，以提高經濟作物的品質和抗逆性，為作物的分子育種提供理論依據；通過遺傳改良，調控微藻的代謝，提高蝦青素、脂肪等具有經濟價值的代謝產物的產量，為色素分離和生物柴油開發奠定基礎。
本實驗室在植物中稀土的調控、活性氧、激素、鈣和器官發生的信號轉導以及逆境條件下色素代謝的調控等方面的研究具有創新性，取得了重要進展，國內同類研究不多見。我們有堅實的基礎，積累了豐富的研究經驗，建立了研究平臺和實驗體系。目前研究水平在國內外同類研究中具有壹定優勢。
我們實驗室有穩定的研究內容和合理的研究團隊。教授1人，副教授4人，其中博士6人。取得了壹些研究成果，包括國家自然基金項目1、山東省農業良種項目1、山東省科技攻關項目1、淄博市科技計劃項目3項。批準發明專利1項，2009年獲得國家自然基金項目1項；2005-2009年，在核心及以上期刊上發表學術論文89篇，其中27篇被SCI收錄。
導演:趙風雲
[4]生物活性分子和功能實驗室
該方向的主要研究內容是植物病害生物防治、生物疫苗與免疫學、環境治理與修復中微生物次生代謝活性分子的研究。具體研究內容和特點如下:
(1)生防微生物的拮抗活性及抗病機制研究:針對蔬菜作物病害嚴重，化學農藥殘留造成3R嚴重的現狀，利用宏基因組技術篩選生物拮抗活性高的微生物菌株，並利用分子生物學技術對菌株進行遺傳改造，構建高效拮抗生物工程菌株，從形態、生理、生化和分子角度進壹步探討拮抗菌株的抗病機制。本文對番茄灰黴病生防菌株的篩選和遺傳轉化進行了深入的探討，受到了國內同行的好評。
(2)病原微生物的分子病毒學和分子免疫學研究:病原微生物活性抗原的篩選、疫苗的研制和特異性抗體的制備；免疫調節活性分子(佐劑、細胞因子)的制備；生物活性多肽分子的篩選和表達；氨基酸及其衍生物的功能研究。在酵母系統可溶性表達丙型肝炎病毒蛋白酶領域開展了開創性工作，為進壹步研究丙型肝炎病毒的致病機理和防治技術奠定了堅實基礎。
(3)微生物環境生物技術研究:微生物生物技術主要應用於環境保護，在環境保護的各個方面進行研究和技術開發，如水汙染控制、有毒有害物質的降解、清潔和可再生能源的開發、廢物回收利用、環境監測、汙染環境的修復等。在重金屬對植物的毒性機理和修復技術領域研究深入，發表的論文受到國內外同行的關註。
該研究領域已初步形成穩定的研究隊伍，有1名教授，3名副教授，3名講師和助教。其中博士3人，1博士，碩士2人。五年來，主持和參與國家自然科學基金、國家納米中心合作項目、山東省自然科學基金、農業良種工程等項目10項，在國內外學術期刊上發表高水平論文58篇，其中8篇被SCI或EI收錄，初步開展了該領域的前期工作，得到了國內外同行的認可。在今後的研究中，研究團隊將繼續加強該方向的投入，期望在省內處於領先地位，在國內處於先進地位。
導演:馬慧泉